Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtttttgttctgtcatgttcccttgacctattcacccttttttacttggtcaacttgaacactgatgtagtgatgaatcttttcttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G887631_T01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G887631_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os07g38760.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtctgtttttgttctgtcatgttcccttgacctattcacccttttttacttggtcaacttgaacactgatgtagtgatgaatc-----ttttcttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG
       | |      | |||||  | || ||  |||| || | |    ||| |  | |||  |||| |||| ||| ||||        ||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||
------gtataaatatttatgttttcctgtccc-ttcatccatgtcctattgttatatttggccactaatgttgtgttgaactgccaacttattctttttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCTGAATTTGGCGGTCATGTTTTCCGCCCACTTGTTGGAG

upper sequence: GRMZM5G887631_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA16G04400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
-------gtctgtttttgttctgtcatgttcccttgacctattcacccttttttacttggtcaacttgaacactgatgtagtgatgaatcttttcttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG
       | |  |  ||||| | | || |     ||   |  | |  |  ||||     || || |   |||||     |   |   ||    | |   |  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||   ||||||    || || || ||||
gttcattgcccctgcttgttttattatatattaatg--ttgcttattcagttttgggacgt-aattgagacactatctcacaaaacgattaaatttctttgcagGCTGCTGTTTATGGTGTTGGTGTTTGTGCTGAGTTTGGTGGATCTGTTTTCAAACCCCTTGTTGGAG

upper sequence: GRMZM5G887631_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA19G29010.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
-------gtctgtttttgttctgtcatgttcccttgacctattcacccttttttacttggtcaacttgaacactgatgtagtgatgaatcttttcttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG
       | |  || ||| | | | || ||    ||   |  | |  |  ||||     || || |    ||||     |   |  |||    | |   |  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||   ||||||  |||| || || ||||
gttcattgccccttcttggtttattatattttaatg--ttgcttattcagttttgggacgt-aattgaggcactatctaacaaaacaattaaatttctttgcagGCTGCTGTTTATGGTGTTGGTGTTTGTGCTGAGTTTGGTGGATCTGTTTTCAGCCCCCTTGTTGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60352763|gb|DN219736.1|DN219736
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|61119517|gb|DN560478.1|DN560478
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|32944044|gb|CF048863.1|CF048863
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTT
EST: gi|33094008|gb|CF054002.1|CF054002
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|9028748|gb|BE238788.1|BE238788
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|9028539|gb|BE238534.1|BE238534
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|60396898|gb|DN229717.1|DN229717
EST:     ACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: ACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|33091899|gb|CF051893.1|CF051893
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|32937992|gb|CF042811.1|CF042811
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|9953899|gb|BE640482.1|BE640482
EST:     TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: TTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
EST: gi|13149409|gb|BG319731.1|BG319731
EST:     CAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAG                         GCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT
genomic: CAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 383

TGTTGCAGAGCAATGCCGTGAATCAGCTCTGAAGTATTATGACACATACCTTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 383

TGTTGCAGAGCAATGCCGTGAATCAGCTCTGAAGTATTATGACACATACCTTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 383

TGTTGCAGAGCAATGCCGTGAATCAGCTCTGAAGTATTATGACACATACCTTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 241

TGTTGCAGAGCAATGCCGTGAATCAGCTCTGAAGTATTATGACACATACCTTCCTTTCCTTTTGGAGGCATCAAACGATGAAAATTCAGATGTTCGGCAGgtctgttttt ... cttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttacttggtcaacttgaacactgatgtagtgatgaatcttttcttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG
                     cactgat  putative branch site (score: 241)
                                       tcttttcttcattt  putative PPT
                                     aatctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctgtttttgttctgtcatgttcccttgacctattcacccttttttacttggtcaacttgaacactgatgtagtgatgaatcttttcttcatttagGCTGCTGTCTATGGTGTGGGTGTATGTGCCGAGTTTGGTGGTCATGTTTTTCGCCCTCTAGTAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG