Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatgcctggatttccttatttttgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatatttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G381933_T03
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G381933_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g15490.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtatgatgcctggatttccttatttt-tgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatattt--cgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAAAG
|||||||     | |  | ||||||| | ||| |   |  ||   ||   |      ||||     | | | || | |||  |||||||| ||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | ||| ||| |||
gtatgatttgatgctcccattattttctttgtggg--aaatgattttgcaaaatttctgatctgg-tggttaatgtttttgacgtgcagGTTGTTATCGGATCTCAAGATCTGGGCCTTTGGTTGTGAGTTTTATTGGGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50332159|gb|CO527285.1|CO527285
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211222853|gb|FL456563.1|FL456563
EST:     CTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTCTGAATCTTACTGGAA
genomic: CTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|4628225|gb|AI619099.1|AI619099
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60359540|gb|DN226513.1|DN226513
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60396268|gb|DN229137.1|DN229137
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|5706282|gb|AI942058.1|AI942058
EST:     GATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: GATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60351624|gb|DN218597.1|DN218597
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|71756800|gb|DR954737.1|DR954737
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTTTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60394781|gb|DN227651.1|DN227651
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|71767359|gb|DR965296.1|DR965296
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|33285569|gb|CF075364.1|CF075364
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGNTTACATAG                         GGGGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTG
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTG
EST: gi|71767360|gb|DR965297.1|DR965297
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|74242521|gb|DT650435.1|DT650435
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211076372|gb|FL154532.1|FL154532
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGT
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGT
EST: gi|37386793|gb|CF630585.1|CF630585
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|78087486|gb|DV515879.1|DV515879
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTTGGT-GTGAATCTTACT
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTT-GGTTGTGAATCTTACT
EST: gi|211222854|gb|FL456564.1|FL456564
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTCTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|8665487|gb|BE186303.1|BE186303
EST:     TGCTTCAGTCCCTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60351898|gb|DN218871.1|DN218871
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|8516501|gb|BE123226.1|BE123226
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGGTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211035729|gb|FL441186.1|FL441186
EST:     TGCNTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTCTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatatttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAAAG
                                      tgatatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatgcctggatttccttatttttgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatatttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT