1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...gctcattcatatcgcactgctgccagcctgccaccctacgtttcagtccatttccccgtttatatcttttgacgctaacacgtgctctctcgagatgcagAAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAAATTTTTGTCGACCCCTTATCTCCATGCTCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G154621_T01 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATATGTAGCTGCATATCTGCTGACTTAAGCTGGTGAAGCCTGCTGGGAG AAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAAEST: gi|78180216|gb|DV550589.1|DV550589
genomic: GATATGTAGCTGCATATCTGCTGACTTAAGCTGGTGAAGCCTGCTGGGAGgtgatgctga ... cgagatgcagAAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAA
EST: GATATGTAGCTGCATATCTGCTGACTTAAGCTGGTGAAGCCTGCTGGGAG AAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAAEST: gi|8665683|gb|BE186499.1|BE186499
genomic: GATATGTAGCTGCATATCTGCTGACTTAAGCTGGTGAAGCCTGCTGGGAGgtgatgctga ... cgagatgcagAAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAA
EST: GATATGTAGCTGCATATCTGCTGACTTAAGCTGGTGAAGCCTGCTGGGAG AAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAA
genomic: GATATGTAGCTGCATATCTGCTGACTTAAGCTGGTGAAGCCTGCTGGGAGgtgatgctga ... cgagatgcagAAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAA
gtccatttccccgtttatatcttttgacgctaacacgtgctctctcgagatgcagAAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAAATTTTTGTCGACCCCTTATCTCCATGCTCAG
cgctaac putative branch site (score: 2)
tgctctctc putative PPT
tttatatcttttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctcattcatatcgcactgctgccagcctgccaccctacgtttcagtccatttccccgtttatatcttttgacgctaacacgtgctctctcgagatgcagAAGGCCGATTGATTCATGATTATGGTGGTTCTGGCAGCCGCCGAGGTGGAAATTTTTGTCGACCCCTTATCTCCATGCTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA