Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaccgtgcaccgctaagctcctggtcctggctcgcacgaatcttaaatctttgcgcataacgtttggactaattgcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTTTGGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G065757_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtaaaaccgtgcaccgctaagctcctggtcctggctcgcacgaatcttaaatctttgcgcataacgt-ttggactaat------tgcaattc-cagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTTTGGCA-
||||| |  ||||   | || | | ||     |    | |  ||| | |  ||||  |   |    | || |||| ||      | |||||  ||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    | | ||| | || 
gtaaa-ctatgcatttccaaacccttgaattagcagtgaaataatttcacttcttgtcatttttgatctttgactgatgcaccctacaatttgcagGATCCTGGGTGACGTTTTCATGGGTGCCTACCATACCGTGTTCGACTACGGCAAGATGAGGGTTGGCTTCGCGAAGTCGGCCTAAACGTGTTGTT-GTCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32924474|gb|CF029286.1|CF029286
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|213167748|gb|FM184910.1|FM184910
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|60398261|gb|DN231077.1|DN231077
EST:     TATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: TATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32924624|gb|CF029436.1|CF029436
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32924176|gb|CF028988.1|CF028988
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|86856157|gb|DY307168.1|DY307168
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32929252|gb|CF034064.1|CF034064
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|33096169|gb|CF056163.1|CF056163
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32828409|gb|CD968087.1|CD968087
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|213179239|gb|FM192959.1|FM192959
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923819|gb|CF028631.1|CF028631
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|12969153|gb|BG266098.1|BG266098
EST:     CGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: CGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32832894|gb|CD972572.1|CD972572
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32833573|gb|CD973251.1|CD973251
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|211092713|gb|FK945553.1|FK945553
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACANCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|31354952|gb|CD439309.1|CD439309
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTAC
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTAC
EST: gi|67038995|gb|CO465250.1|CO465250
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923624|gb|CF028436.1|CF028436
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32918238|gb|CF023050.1|CF023050
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|213179820|gb|FM194304.1|FM194304
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923728|gb|CF028540.1|CF028540
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32912159|gb|CF016971.1|CF016971
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|16919046|gb|BM074015.1|BM074015
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGCTTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923740|gb|CF028552.1|CF028552
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|211361839|gb|FL432808.1|FL432808
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACANCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|21621076|gb|BQ619082.1|BQ619082
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|33096659|gb|CF056653.1|CF056653
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|33096356|gb|CF056350.1|CF056350
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|47962340|gb|CN845049.1|CN845049
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|60337171|gb|DN204144.1|DN204144
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|38229766|gb|CF920079.1|CF920079
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCNACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|61119127|gb|DN560088.1|DN560088
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCATCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctcgcacgaatcttaaatctttgcgcataacgtttggactaattgcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTTTGGCA
                                     gactaat  putative branch site (score: 2)
         aatcttaaatcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaaaccgtgcaccgctaagctcctggtcctggctcgcacgaatcttaaatctttgcgcataacgtttggactaattgcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTTTGGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA