Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attcctatacttgtggtcatgttcctagtttttttaagcataaatatacttgtggtcatgtgcatagttttttgttgtatattttattttctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G148323_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67030158|gb|CO458907.1|CO458907
EST:     GAATCTCTTCAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|23199690|gb|BU582255.1|BU582255
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|4612853|gb|AI603692.1|AI603692
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGA
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|83279222|gb|DV943230.1|DV943230
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|211505070|gb|FK974738.1|FK974738
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|23199745|gb|BU582310.1|BU582310
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         ATCTTGCTGCATGAATTTGGTTGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGG
EST: gi|31362491|gb|CD446848.1|CD446848
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|211372413|gb|FL431585.1|FL431585
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|211372412|gb|FL431584.1|FL431584
EST:     GAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCCACTGGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GAAGTGGTGATGTGTGGGACGAAT-CACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
EST: gi|12972292|gb|BG267909.1|BG267909
EST:     GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGC                         GTCCTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG
genomic: GGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 53

GAGAATATATTAGATTGTCCATGGAAGAAGATGGTGAGGATGCTTCAAATGGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 48

GAGAATATATTAGATTGTCCATGGAAGAAGATGGTGAGGATGCTTCAAATGGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 47

GAGAATATATTAGATTGTCCATGGAAGAAGATGGTGAGGATGCTTCAAATGGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 37

GAGAATATATTAGATTGTCCATGGAAGAAGATGGTGAGGATGCTTCAAATGGAAGTGGTGATGTGTGGGACGAATCACTTGAGGCTCCATTCTGAATGGCgtaagtgttt ... ctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacttgtggtcatgtgcatagttttttgttgtatattttattttctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC
                                    ttttattttctgttt  CT-rich tract
                  atagttttttgttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attcctatacttgtggtcatgttcctagtttttttaagcataaatatacttgtggtcatgtgcatagttttttgttgtatattttattttctgtttacagGTCTTGCTGCATGAATTTGGTTGGACATGGATGATTATGGTTGTGAAGCGGAAGGATTGTAAATTTGGTGGCTACCCTGTTGAGGCCATTGTAGGCTCAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - -catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcata