1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
gtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G109383_T02 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|32915471|gb|CF020283.1|CF020283
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|67018536|gb|CO447285.1|CO447285
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|31363628|gb|CD447985.1|CD447985
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|213170007|gb|FM188153.1|FM188153
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|31353391|gb|CD437748.1|CD437748
genomic: CCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|32910896|gb|CF015708.1|CF015708
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|67022599|gb|CO451348.1|CO451348
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|67014425|gb|CO443174.1|CO443174
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: GTTGCAATTAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GCGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|31354675|gb|CD439032.1|CD439032
genomic: GTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCEST: gi|211541124|gb|FL006425.1|FL006425
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
gtttgcaagatttttgaatgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG
atctgac putative branch site (score: 3)
atataaatctgacata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA