Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtattgtaaacaatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactcatgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatattatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035636_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G035636_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
---------gtgagtattgtaaa-----caatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---
         |  | | || |  |     |    ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6964727|gb|AW433420.1|AW433420
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850229|gb|CD989910.1|CD989910
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32835904|gb|CD975582.1|CD975582
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|33092153|gb|CF052147.1|CF052147
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACCTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32827008|gb|CD966686.1|CD966686
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850207|gb|CD989888.1|CD989888
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGCCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850559|gb|CD990240.1|CD990240
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|194716945|gb|FK934104.1|FK934104
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACCCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|8576947|gb|BE129584.1|BE129584
EST:     ATCTGTTCCCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGACGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|7135183|gb|AW497972.1|AW497972
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850704|gb|CD990385.1|CD990385
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|211224721|gb|FL222439.1|FL222439
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG
                     atttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtattgtaaacaatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactcatgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatattatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG