Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtcaagctcaccccgggaaaacatcaaggccttcatcatcgtaagatctatctatcatgctttttttattctttacttgtcgtcatgcttgctttttttaattatagtatattatatacatatgcatgcacatgcactgcagGACGTGGTGACTGCTGGTTCAGACACGTCGGCCGCCATGGTAGAGTGGATGCTGGCGGAGCTGATGAACCACCAGGAGACGCTGCGCAAGGTGGTGGAAG
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GRMZM2G335323_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os04g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtcaagctcaccccgggaaaacatcaaggccttcatcatcgtaagatctatctatcatgctttttttattctttacttgtcgtcatgcttgctttttttaattatagtatattatatacatatgcatgcacatgcactg-cagGACGTGGTGACTGCTGGTTCAGACACGTCGGCCGCCATGGTAGAGTGGATGCTGGCGGAGCTGATGAACCACCAGGAGACGCTGCGCAAGGTGGTGGAAG
||||| | | | | ||||||| |||||| || | ||| | | | | || || | || ||||| |||||| | | |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||| |
----------------------------------------gtaag--ccagca--cgcacttttttctttctttctttcttaattagctagtggagtggagtactaagatgatgcatggatatg-atgcactcgatcgatcagGACGTTGTTACTGCCGGGTCCGACACTTCGGCCGCCATGGTGGAGTGGATGGTGGCGGAGCTGATGAACCACCCGGAGGCCCTGCGCAAGGTGCGGGAGG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.cttgctttttttaattatagtatattatatacatatgcatgcacatgcactgcagGACGTGGTGACTGCTGGTTCAGACACGTCGGCCGCCATGGTAGAGTGGATGCTGGCGGAGCTGATGAACCACCAGGAGACGCTGCGCAAGGTGGTGGAAG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tttttttaattatagt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtcaagctcaccccgggaaaacatcaaggccttcatcatcgtaagatctatctatcatgctttttttattctttacttgtcgtcatgcttgctttttttaattatagtatattatatacatatgcatgcacatgcactgcagGACGTGGTGACTGCTGGTTCAGACACGTCGGCCGCCATGGTAGAGTGGATGCTGGCGGAGCTGATGAACCACCAGGAGACGCTGCGCAAGGTGGTGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG