1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agtttactgatgccttattgtcagacatttcatatgaaactttacatcatgcttgttcttgtctgaatgtgaaatggcattgatgtccctttaattgcagACTGTACCTTTGTGCCAAAACCTTTACCGGAATTCATTCACTTATCACTGCCTTCAAGAGGACAAGACTCTGCAGTTTGATGATGCAAACCAGTTTCTAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G174170_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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atcatgcttgttcttgtctgaatgtgaaatggcattgatgtccctttaattgcagACTGTACCTTTGTGCCAAAACCTTTACCGGAATTCATTCACTTATCACTGCCTTCAAGAGGACAAGACTCTGCAGTTTGATGATGCAAACCAGTTTCTAG
ctttaat putative branch site (score: 150)
tgtcccttt CT-rich tract
tttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtttactgatgccttattgtcagacatttcatatgaaactttacatcatgcttgttcttgtctgaatgtgaaatggcattgatgtccctttaattgcagACTGTACCTTTGTGCCAAAACCTTTACCGGAATTCATTCACTTATCACTGCCTTCAAGAGGACAAGACTCTGCAGTTTGATGATGCAAACCAGTTTCTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - ctgatgc
- - - - - - - - - - - - - - ttcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attgatg