Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcaagtatcttctataagaaagtctgagctctgttattttctgtgatagtggtttagttccatctttttacaactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTACCTAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g01230.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351035456|gb|FQ463301.1|FQ463301
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351016500|gb|FQ423927.1|FQ423927
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351016499|gb|FQ423926.1|FQ423926
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351025032|gb|FQ433449.1|FQ433449
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351034412|gb|FQ463225.1|FQ463225
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351033348|gb|FQ446580.1|FQ446580
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351027650|gb|FQ446817.1|FQ446817
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351024489|gb|FQ426298.1|FQ426298
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|352790073|gb|FQ479683.1|FQ479683
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351046338|gb|FQ448643.1|FQ448643
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351054204|gb|FQ450286.1|FQ450286
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351019825|gb|FQ439642.1|FQ439642
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351039502|gb|FQ461369.1|FQ461369
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351026622|gb|FQ436275.1|FQ436275
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349833020|gb|FQ416398.1|FQ416398
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|352789985|gb|FQ479595.1|FQ479595
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351033263|gb|FQ462035.1|FQ462035
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351040162|gb|FQ425248.1|FQ425248
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351054398|gb|FQ450481.1|FQ450481
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351037106|gb|FQ456939.1|FQ456939
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349832664|gb|FQ422022.1|FQ422022
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351056659|gb|FQ443286.1|FQ443286
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351028040|gb|FQ425941.1|FQ425941
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGCATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351043435|gb|FQ451487.1|FQ451487
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351042076|gb|FQ456286.1|FQ456286
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351034920|gb|FQ458277.1|FQ458277
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351046877|gb|FQ454487.1|FQ454487
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351035498|gb|FQ463343.1|FQ463343
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGGGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351031204|gb|FQ445031.1|FQ445031
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351022167|gb|FQ438752.1|FQ438752
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351051825|gb|FQ455239.1|FQ455239
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349815577|gb|FQ400733.1|FQ400733
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351036533|gb|FQ457246.1|FQ457246
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351052468|gb|FQ452501.1|FQ452501
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349827622|gb|FQ422490.1|FQ422490
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351024264|gb|FQ423687.1|FQ423687
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351025469|gb|FQ435161.1|FQ435161
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351025913|gb|FQ427925.1|FQ427925
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351044016|gb|FQ431447.1|FQ431447
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349828962|gb|FQ419295.1|FQ419295
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|352798342|gb|FQ480367.1|FQ480367
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351016726|gb|FQ424153.1|FQ424153
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351026266|gb|FQ428278.1|FQ428278
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351014382|gb|FQ437384.1|FQ437384
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349823406|gb|FQ423217.1|FQ423217
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351025836|gb|FQ427848.1|FQ427848
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349830206|gb|FQ420466.1|FQ420466
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351039874|gb|FQ464912.1|FQ464912
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|349819006|gb|FQ411701.1|FQ411701
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351036393|gb|FQ458768.1|FQ458768
EST:     CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351042077|gb|FQ456287.1|FQ456287
EST:     CACGCTTCCCATCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
EST: gi|351037820|gb|FQ464261.1|FQ464261
EST:     CACGCTTCTCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAG                         GCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC
genomic: CACGCTTCCCACCTGAACCAAATGGGTATCTGCATATTGGTCATGCCAAGgtaatcaagt ... aactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctctgttattttctgtgatagtggtttagttccatctttttacaactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTACCTAAG
     tgttatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatcaagtatcttctataagaaagtctgagctctgttattttctgtgatagtggtttagttccatctttttacaactgtacagGCAATGTTTGTTAGCTTTGGCCTGGCAAAAGAGAGAGGTGGATGCTGCTACCTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT