Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctaaaaccattttttagatcttttaaaatagtgatacctttctattaatttgtccattcccaagagctacttacctgagtatgcatttttcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAGCAACGTCTTGCTAAGGCTTCTCTTTCTTTCAATTGTAAAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g00280.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34543477|gb|CF511709.1|CF511709
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|161715609|gb|FC068353.1|FC068353
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110693874|gb|EE070489.1|EE070489
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110730040|gb|EE106668.1|EE106668
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|294966722|gb|GW837741.1|GW837741
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|26257010|gb|CA808073.1|CA808073
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110728958|gb|EE104982.1|EE104982
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110713617|gb|EE089696.1|EE089696
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110726385|gb|EE102119.1|EE102119
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|77587429|gb|DV222858.1|DV222858
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|34543563|gb|CF511795.1|CF511795
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110732339|gb|EE107537.1|EE107537
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
EST: gi|110721123|gb|EE097761.1|EE097761
EST:     CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATG                         ATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG
genomic: CATACTTACAGGGCTTCTGTCATTTATGgtgagtttat ... tcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatttgtccattcccaagagctacttacctgagtatgcatttttcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAGCAACGTCTTGCTAAGGCTTCTCTTTCTTTCAATTGTAAAAA
                       tacttac  putative branch site (score: 1)
                                       catttttctt  putative PPT
                                        atttttcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cctaaaaccattttttagatcttttaaaatagtgatacctttctattaatttgtccattcccaagagctacttacctgagtatgcatttttcttatgcagATGGACAACAGTCCTACAACAGGCAGTGTTACAACTACTACTAAAGAGAAGCAACGTCTTGCTAAGGCTTCTCTTTCTTTCAATTGTAAAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - aaaccat
- - - - - - - - - - - - taaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - tgatacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgca