1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagatttactcctcacgtacacactaacgatggtagcaactagcaatatcttatcccaaataaccttcttaatctattgattatgaaccgtaattcttttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAAATTTCACAGCAGATAGGATTTTGTTTGATCATTTATAAATTGATCTAAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0058g00930.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|46918783|gb|CN548112.1|CN548112
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|30125870|gb|CB911209.1|CB911209
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAAEST: gi|110374612|gb|EC939494.1|EC939494
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|110362761|gb|EC926313.1|EC926313
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|71882027|gb|DT031082.1|DT031082
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|352795137|gb|FQ477247.1|FQ477247
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAAEST: gi|110390213|gb|EC955113.1|EC955113
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|33407479|gb|CF213106.1|CF213106
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAAEST: gi|71885356|gb|DT034411.1|DT034411
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|32458063|gb|CD799237.1|CD799237
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAAEST: gi|110380642|gb|EC945925.1|EC945925
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
EST: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAG ATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAAGCCTAA
genomic: AAATGTTTTCAGAATTACGCCTCCCCTCTGCTTCACTAAGGAAGATGCAGgtaagattta ... tttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAA
atcccaaataaccttcttaatctattgattatgaaccgtaattcttttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAAATTTCACAGCAGATAGGATTTTGTTTGATCATTTATAAATTGATCTAAT
ttcttttgt CT-rich tract
ttaatctattgattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagatttactcctcacgtacacactaacgatggtagcaactagcaatatcttatcccaaataaccttcttaatctattgattatgaaccgtaattcttttgtggcagATTTCTTTGTGGATGTCATGGATTATGCAATGTCGAAGATGTGAGGCCTAAATTTCACAGCAGATAGGATTTTGTTTGATCATTTATAAATTGATCTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT