Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtgatattgacggatttatttttatttatttatttatttatttttgttctttccaacagatagatttggatgtaaattcttctttttactatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGTGTTAAGAGTTGTAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0091g00740.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0091g00740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT2G14720.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gttggtgatattgacggatttatttttatttatttatttatttatttttgttctttccaacagatagatttgg-atgtaaattcttctttttactatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGTGTTAAGAGTTGTAAAG
          ||   || ||   |  |     ||  || | || |    ||    ||  |||| |   |  |  |  |   |      || || |  |  ||||| |  ||  | |  ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  ||| |||
---------gttagtggtttc--tcctgcgccttgcttcacttttaagcgtataatctcacagtttagtaagatacttctgtctgaacttgtaatgccttcagGACAAGGACAGTGTGAAATGCGAGTGTCCTCCAGGATTTAAAGGAGACGGTGTTAAGAAATGTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71888433|gb|DT037488.1|DT037488
EST:     GCGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|110363399|gb|EC926982.1|EC926982
EST:     GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|110359067|gb|EC919937.1|EC919937
EST:     GCGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|110718216|gb|EE094793.1|EE094793
EST:     GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|349830520|gb|FQ416830.1|FQ416830
EST:     GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|26262131|gb|CA813194.1|CA813194
EST:     GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|110692278|gb|EE071340.1|EE071340
EST:     GGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|30300932|gb|CB977726.1|CB977726
EST:     CTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: CTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|30296719|gb|CB973513.1|CB973513
EST:     GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCTGCTTGTTTG                         GATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgata ... ctatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgttctttccaacagatagatttggatgtaaattcttctttttactatcaacagGATATTGATGGCGGTAAATGTGAGTGTCCTCCAGGGTTTAAAGGTGATGGTGTTAAGAGTTGTAAAG
                                 ttcttctttttactat  CT-rich tract
                             taaattcttcttttta  TA-rich tract