1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ttactggtcaagccagaaatatggaccttaaatctgaatgattggtcatatctttctttctttgatctctgttgctgaaattctttcaattttaatgcagGATTCAGAAGCTGCAGCTGCTTTTAAGGATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g02210.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACAGCAGCAAGCTCAACCCCAT GATTCAGAAGCTGCAGCTCCTTTTAAGGATG
genomic: AACAGCAGCAAGCTCAACCCCATgtaagaagag ... tttaatgcagGATTCAGAAGCTGCAGCTGCTTTTAAGGATG
tcatatctttctttctttgatctctgttgctgaaattctttcaattttaatgcagGATTCAGAAGCTGCAGCTGCTTTTAAGGATG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tgaaattctttcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttactggtcaagccagaaatatggaccttaaatctgaatgattggtcatatctttctttctttgatctctgttgctgaaattctttcaattttaatgcagGATTCAGAAGCTGCAGCTGCTTTTAAGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
ttactgg
- - - -tcaagcc
- - - - - - - agaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgattgg