1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...gtgtctgtctaatttgaaatatccacatttctgttccctgttatcttttctggagagcttcttgtttcaatggtatgtgttttggttgaatgacttccagGTGGAAGAGAATAAGGTGGAGAGTATTAAGAGGGACAAGGCAGCAACTGAGAAATTGCTGCAAGAAACAATTGAAAAACACCAGGCAGAGCTTGCAGCTC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0098g00540.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttttctggagagcttcttgtttcaatggtatgtgttttggttgaatgacttccagGTGGAAGAGAATAAGGTGGAGAGTATTAAGAGGGACAAGGCAGCAACTGAGAAATTGCTGCAAGAAACAATTGAAAAACACCAGGCAGAGCTTGCAGCTC
cttcc CT-rich tract
tttcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtctgtctaatttgaaatatccacatttctgttccctgttatcttttctggagagcttcttgtttcaatggtatgtgttttggttgaatgacttccagGTGGAAGAGAATAAGGTGGAGAGTATTAAGAGGGACAAGGCAGCAACTGAGAAATTGCTGCAAGAAACAATTGAAAAACACCAGGCAGAGCTTGCAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
-tgtctgt
- - - - - - - tgaaata
- - - - - - - - - - - ccacatt
- - - - - - - - - - - - - - - -tgttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttga