Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtgagtttgttatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv13s0019g02720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G178797_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
----ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtgag-tttgttatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
|||| | | | |||| | | || | || | || | || | || | || | | | ||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||| |
ttcctttttcccacatataaacaactatatatatgacaaaacacattgcaaacacaaacctttaccactaaagtgctgtgat---tgtattcct--cctttgcagGACACTATGTCGTAATATGTGGGTATGATGCTGATGATTGTGAATTTGAGATAAGAGATCCTGCCAGTTCCAG
upper sequence: Vv13s0019g02720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G436382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
----ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtgag-tttgttatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
||||| | | | |||| | | || | || | || | || | || | || | | ||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||| ||| |||||||||| || |
ttccttttccccacatataaacaactatatatatgacaaaacacattgcaaacgcaaacctttaccacttaagtgttgtgat---tgtattccc--cctttgcagGACACTATGTCGTAATATGTGGGTATGATGCTGATAATTGTGAATTTGAGATAAGATATCCTGCCAGTGCCAG
upper sequence: Vv13s0019g02720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G077180_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
----ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtgag-tttgttatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
|||| | | | |||| | | || | || || || | || | || | || | | ||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||| |
ttcctttttcccacatataaacaactatatatatgacaaaacacattgcaaacgcaaacatttaccactaaagtgttgtgat---tgtattccc--cctttgcagGACACTATGTCATAATATGTGGGTATGATGTTGATGATTGTGAATTTGAGATAAGAGATCCTGCCAGTTCCAG
upper sequence: Vv13s0019g02720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA11G34700.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
-ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtgagtttgttatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
| || | | | |||| | ||| | | | | || ||| || || || || | |||| || || || | || ||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
atcctcacaacagatttattcttctattagtatttcttgagacattctaaaattaataaat-ttattaatcagttaataagtagaaaaattccgttgacagGTCACTATGTGTTGATATGTGGCTATGATGCTGGAGCAGATATGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCTAA
upper sequence: Vv13s0019g02720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA18G03600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
ttttcttaggaattgtattgtgatat-gtgctgtgagtttgt-tatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
|| | | | ||| | ||| | | | | || ||| || || | | |||| |||| || || || |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
--ctcacaacagatttatcgaagtattatagtatttatccaaacattctaaaattaataaatttattaaatgagttaataagtagaaaaattccattgacagGTCACTATGTGTTGATATGTGGCTATGATGCTGGAGCAGATATGTTTGAGATTAGAGATCCTGGCAGCTCTAA
upper sequence: Vv13s0019g02720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT5G05930.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtg-agtttgttatatcttcatttatgta-tgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
|| | | | || | | | | | | || | || |||| | | | | || |||| | | ||| | | | |||||||||||| || |||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||
ttctttaactaacgaaagcttaaatctagaagcacaaacggtaaagactacattagcaaaatttcttacatcaacttgtttccttcatgttttccaat--agGTCACTATGTCGTGATATGTGGCTATGATGCTGTTAGGGATGAGTTCGAGATCAGAGATCCCGCCAGTTCCAA atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
aactaat putative branch site (score: 2)
cattttc putative PPT
atttatgtat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ttttcttaggaattgtattgtgatatgtgctgtgagtttgttatatcttcatttatgtatgttggatatgaactaatccatataatgatgacattttcagGTCACTATGTTGTAATATGTGGCTATGATGTTGATACAGATGAGTTTGAGATTAGAGATCCTGCCAGCTCCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - -tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatata