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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acttgcttcacatttacttcatctaaattgcattttgacttaaagaattaatacccactagctatttattatagaatgcatcattgtgtatgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCATTGTGGCACGAGGAACTGGAGCCCCAGAACTCTCTGCTGGACATTTTAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0065g00320.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0065g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
--acttgcttcacatttacttcatctaaattgcattttgacttaaagaattaatacccactagctatttattatagaatgcatcattgtgtatgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCATTGTGGCACGAGGAACTGGAGCCCCAGAACTCTCTGCTGGACATTTTAT
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atacttgcctcttactggcgtttccaatatttgtttgtgctctctgcggcatggacctttccttagttcagaaaaacaaac-tcatttggt-tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG

upper sequence: Vv11s0065g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT4G31300.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
acttgcttcacatttacttcatctaaattgcattttgacttaaagaattaatacccactagc--tatttattatagaatgcatcattgtgtatgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCATTGTGGCACGAGGAACTGGAGCCCCAGAACTCTCTGCTGGACATTTTAT
    |    |  |||   | | |  ||   |  |    |  ||   ||  |  | |  ||    || ||| |    ||    |  |||    | ||   ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| || |   | |   | |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||  | |||||| |  
----gtaagatctttctctgaccagaagctcgctgaagcgaaacttatgtaacctccttaatggtacttaattggcaaactgtttttgatgtttttgaacagATCAACTCAGAGGGAGTGACGAGAAACTTTTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAAGAATTGGAGCCCCAAAACTCACTCTTAGACATTCTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351043926|gb|FQ431357.1|FQ431357
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351031738|gb|FQ459995.1|FQ459995
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGATACCCTTTCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351021488|gb|FQ446032.1|FQ446032
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|110731755|gb|EE106442.1|EE106442
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTTCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|352794354|gb|FQ481585.1|FQ481585
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGG-TGACGAAAAAATTCTACCCTGGTGACACCCTTCCC
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EST: gi|110385861|gb|EC950417.1|EC950417
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|349822011|gb|FQ408340.1|FQ408340
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351026847|gb|FQ436500.1|FQ436500
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCC
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EST: gi|351025243|gb|FQ433660.1|FQ433660
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genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351041115|gb|FQ444092.1|FQ444092
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAANAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351022613|gb|FQ447135.1|FQ447135
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTTGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAANAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351040449|gb|FQ434582.1|FQ434582
EST:     TTGCTGTTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         AATAAACTCAGAAGGGGTGACGAAAAACTTCTACC
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EST: gi|349809487|gb|FQ414377.1|FQ414377
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EST: gi|349824245|gb|FQ417632.1|FQ417632
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|30304313|gb|CB981107.1|CB981107
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EST: gi|351016593|gb|FQ424020.1|FQ424020
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EST: gi|110689479|gb|EE065738.1|EE065738
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAANAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTTCA
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EST: gi|352786908|gb|FQ481283.1|FQ481283
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCT
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCT
EST: gi|351043726|gb|FQ431079.1|FQ431079
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351025600|gb|FQ426614.1|FQ426614
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351025823|gb|FQ427835.1|FQ427835
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTG-T-T-GTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAANAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351038974|gb|FQ457649.1|FQ457649
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351018428|gb|FQ439240.1|FQ439240
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAGAACTTCTACCCTGG
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EST: gi|351036694|gb|FQ457407.1|FQ457407
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351029736|gb|FQ427576.1|FQ427576
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351032941|gb|FQ461830.1|FQ461830
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EST: gi|349829562|gb|FQ420094.1|FQ420094
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EST: gi|110423272|gb|EC989614.1|EC989614
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351051948|gb|FQ450639.1|FQ450639
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351024691|gb|FQ433106.1|FQ433106
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351017168|gb|FQ424595.1|FQ424595
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAANAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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EST: gi|351017430|gb|FQ435783.1|FQ435783
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genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351017804|gb|FQ436157.1|FQ436157
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|349827569|gb|FQ422437.1|FQ422437
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|156725857|gb|EV229968.1|EV229968
EST:     TTGCTATTGCCCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351037015|gb|FQ460725.1|FQ460725
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|110699436|gb|EE076435.1|EE076435
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|352786494|gb|FQ479103.1|FQ479103
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|28968773|gb|CB347806.1|CB347806
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351027032|gb|FQ439892.1|FQ439892
EST:     CGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: CGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|349824515|gb|FQ413182.1|FQ413182
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|351053908|gb|FQ441674.1|FQ441674
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|349825823|gb|FQ423118.1|FQ423118
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|352790114|gb|FQ481313.1|FQ481313
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
EST: gi|349810332|gb|FQ401778.1|FQ401778
EST:     TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACT                         ATAAACTCAGAGGGGGTGACGAANAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA
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genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGG-TGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCC
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genomic: TTGCTATTGCTCGAGATGGTGCAAGTGGTGGTGTTGTTCGAACTGTCACTgtgagttctt ... tgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattaatacccactagctatttattatagaatgcatcattgtgtatgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCATTGTGGCACGAGGAACTGGAGCCCCAGAACTCTCTGCTGGACATTTTAT
 aattaat  putative branch site (score: 3)
                 tatttattatagaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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acttgcttcacatttacttcatctaaattgcattttgacttaaagaattaatacccactagctatttattatagaatgcatcattgtgtatgttctgcagATAAACTCAGAGGGGGTGACGAAAAACTTCTACCCTGGTGACACCCTTCCATTGTGGCACGAGGAACTGGAGCCCCAGAACTCTCTGCTGGACATTTTAT

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- - -cttcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgca