1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...cttcaaaatggagttaattttatcttttaaactttattatttgaatcaaaatggtggttattcttggatctgattctgtttcaatgtccttgttatccagCTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGTGGTCAGCATATTCCCTTTGGTGCATCACCACAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0023g02970.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCTCCATTACCTGCTGGCAGCCTCTACATGGAAGAAGTGCATGTTAAG CTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGTGGTCAGCATATTCCCTTTGGTEST: gi|110716734|gb|EE091976.1|EE091976
genomic: CTCCTCCATTACCTGCTGGCAGCCTCTACATGGAAGAAGTGCATGTTAAGgtttgacctc ... tgttatccagCTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGTGGTCAGCATATTCCCTTTGGT
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genomic: TCCTCCATTACCTGCTGGC-AGCCTCTACATGGAAGAAGTGCATGTTAAGgtttgacctc ... tgttatccagCTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGTGG
EST: CTCCTCCATTACCTGCTGGCAGCCTCTACATGGAAGAAGTGCATGTTAAG CTTGGGGAAAAAATACGGTTTACCGGTGGTTGGTCN-CATATTCCCTTTGG
genomic: CTCCTCCATTACCTGCTGGCAGCCTCTACATGGAAGAAGTGCATGTTAAGgtttgacctc ... tgttatccagCTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGT-GGTCAGCATATTCCCTTTGG
tcaaaatggtggttattcttggatctgattctgtttcaatgtccttgttatccagCTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGTGGTCAGCATATTCCCTTTGGTGCATCACCACAG
atctgat putative branch site (score: 4)
tccttgtt putative PPT
ttattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttcaaaatggagttaattttatcttttaaactttattatttgaatcaaaatggtggttattcttggatctgattctgtttcaatgtccttgttatccagCTTGGGGAAGAATTACGGTTTACTGTTGGTGGTCAGCATATTCCCTTTGGTGCATCACCACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- tcaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgtcc