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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgccaaatagtattggatgatcttactatcctctgttctaattgtacatgtacttgttcctcagctttgttgctactacttaatatttaatgatgcctctctttggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGTTAACTTGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0060g00230.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0060g00230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA03G38650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgagtgccaaatagtattggatgatcttactatcctctgttctaattgtacatgtacttgttcctcagctttgttgctactacttaatatttaatgatgcctctctttggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGTTAACTTGCAG
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gtaagtggcaaactgcagt-----atttca-tgctttcaattccatttcca-acatcgtcataga--atttttgttctta--aatttgtgactaattgttgtttcctttggaattatagGATTGATGTATCTGGTGGGCATACCCTTAGGAATTTATACAGTGGAGTTGTAGGATTGCAG

upper sequence: Vv14s0060g00230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA19G41240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgagtgccaaatagtattggatgatcttactatcctctgttctaattgtacatgtacttgttcctcagctttgttgctactacttaatatttaatgatgcctctctttggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGTTAACTTGCAG
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gtaagtggcaaac-----tgaagtatttca-tgctttcagtgccatttccacca----tcatcatagaatttttgttcttaaatttgtgacttattgttgtttc-ctttggaattatagGATTGATGTATCTGGAGGGCATACCCTTAGGAATTTATACAGTGGTGTTGTAGGATTGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32271244|gb|CD720403.1|CD720403
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110415561|gb|EC981480.1|EC981480
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110363756|gb|EC927367.1|EC927367
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTTTTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30324545|gb|CD007807.1|CD007807
EST:     GAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGG
genomic: GAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATG-CTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGG
EST: gi|110373337|gb|EC937563.1|EC937563
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|18458238|gb|BM436516.1|BM436516
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30327012|gb|CD010274.1|CD010274
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30327090|gb|CD010352.1|CD010352
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110397107|gb|EC962828.1|EC962828
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110422538|gb|EC988864.1|EC988864
EST:     GCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: GCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30321442|gb|CD004704.1|CD004704
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|32268077|gb|CD717236.1|CD717236
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110696063|gb|EE074792.1|EE074792
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110361606|gb|EC925092.1|EC925092
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30326319|gb|CD009581.1|CD009581
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcagctttgttgctactacttaatatttaatgatgcctctctttggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGTTAACTTGCAG
                         atttaat  putative branch site (score: 4)
                                    cctctctttg  putative PPT
              tactacttaatattta  TA-rich tract