1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...agtaatcttcattaatgtagttcacttttatattaaatagtggttgaaggtcaaagaaaattgcttggtttatggtctgctgttctcctttgaattgtagGTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAGCCAAAAGAAGAACCACGTGTTTATCATTTGTGGGGAGATGATTCCAGCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0227g00060.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACCGGAACCAAAGAGGCGGTTCATTCCTTCAAAATGGGAAAGTAAAAAG GTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAGEST: gi|33404441|gb|CF210068.1|CF210068
genomic: CACCGGAACCAAAGAGGCGGTTCATTCCTTCAAAATGGGAAAGTAAAAAGgtaaatattc ... tgaattgtagGTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAG
EST: CACCGGAACCAAAGAGGCGGTTCATTCCTTCAAAATGGGAAAGTCAATAG GTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAG
genomic: CACCGGAACCAAAGAGGCGGTTCATTCCTTCAAAATGGGAAAGTAAAAAGgtaaatattc ... tgaattgtagGTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAG
gaaggtcaaagaaaattgcttggtttatggtctgctgttctcctttgaattgtagGTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAGCCAAAAGAAGAACCACGTGTTTATCATTTGTGGGGAGATGATTCCAGCT
tctgctgttctccttt CT-rich tract
aaagaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtaatcttcattaatgtagttcacttttatattaaatagtggttgaaggtcaaagaaaattgcttggtttatggtctgctgttctcctttgaattgtagGTTGTTGAATATGTTAGAGCAATTAGAAAGGGATTAATAAAGTTTGACAAGCCAAAAGAAGAACCACGTGTTTATCATTTGTGGGGAGATGATTCCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgg