1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gatgtttcgtctcacactctatcctgccattgtagattctaaaaagctgttgcaacatggacttcagtacttgtaacatttaagtagagctttgtttcagATAGCTTGAGAGTGATGCAGCATGTGGAGACAATTCAAGCTCCAAGTTCATGGGAACAGCTGGAGTCAAATAATTGGAAGGAGGTATCATGGGAGGAAAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g03590.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gctgttgcaacatggacttcagtacttgtaacatttaagtagagctttgtttcagATAGCTTGAGAGTGATGCAGCATGTGGAGACAATTCAAGCTCCAAGTTCATGGGAACAGCTGGAGTCAAATAATTGGAAGGAGGTATCATGGGAGGAAAA
ttgtaac putative branch site (score: 2)
ctttgtttc putative PPT
taacatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatgtttcgtctcacactctatcctgccattgtagattctaaaaagctgttgcaacatggacttcagtacttgtaacatttaagtagagctttgtttcagATAGCTTGAGAGTGATGCAGCATGTGGAGACAATTCAAGCTCCAAGTTCATGGGAACAGCTGGAGTCAAATAATTGGAAGGAGGTATCATGGGAGGAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - cacactc
- - - - - - - - - - -tcctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caacatg