1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaacatcctgtgctttcaatgtattttattttgcaaatttcatactgaaggtatggaaaaactgatattctcatcttaacgttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGGAAGAGAGAAAACTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g05950.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|110423661|gb|EC990009.1|EC990009
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TTGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGCACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|30321061|gb|CD004323.1|CD004323
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|110698992|gb|EE077122.1|EE077122
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|34550509|gb|CF518727.1|CF518727
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGEST: gi|349813644|gb|FQ413878.1|FQ413878
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|110694100|gb|EE070911.1|EE070911
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TTGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGCACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|351028222|gb|FQ426123.1|FQ426123
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAAAGCCAGAAATGEST: gi|110428516|gb|EC994990.1|EC994990
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|34547391|gb|CF515623.1|CF515623
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGACGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|34550428|gb|CF518646.1|CF518646
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGEST: gi|351033244|gb|FQ462016.1|FQ462016
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|34547301|gb|CF515533.1|CF515533
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGACGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|30320467|gb|CD003729.1|CD003729
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|349808524|gb|FQ405668.1|FQ405668
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|110417035|gb|EC983057.1|EC983057
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|351017876|gb|FQ436229.1|FQ436229
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGEST: gi|110378867|gb|EC944022.1|EC944022
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGEST: gi|349809896|gb|FQ398521.1|FQ398521
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
EST: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCCGCCACAGAAGCACAA ATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
genomic: TCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcct ... gttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATG
aatttcatactgaaggtatggaaaaactgatattctcatcttaacgttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGGAAGAGAGAAAACTG
tcttaac putative branch site (score: 2)
aaaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacatcctgtgctttcaatgtattttattttgcaaatttcatactgaaggtatggaaaaactgatattctcatcttaacgttggcacagATGGGGAAAGATGTTGTCACATTTTTATCATGGGCTGCAGAGCCAGAAATGGAAGAGAGAAAACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA