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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0015g01190.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g57220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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--gtaattatcagc--atgacctgatttcaacattttggcccttc----tgtgacacc--tgatgaatt-gtgtt----atcattaattctaac----agGTCCTCCTGTCAATTTGTTCACTGCTGACGGACCCGAACCCCGATGATCCGTTGGTGCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGATAGGGCCAAGTATG

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G102471_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-ttttatttaccagtgaaagaa-acagctg-ggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctg-gcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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ttgtggttagctaatatgatattgtggttatgttccttgagaacagtatgt---tcaagatagttttgtctgtttactg-atctgttctgttctgtattaacagGTTCTCCTGTCAATCTGCTCACTGCTCACGGACCCAAACCCTGATGATCCTCTTGTCCCTGAGATTGCTCACATGTACAAGACCGACAGGGCCAAGTATG

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G102471_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 4
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgc-cagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctg-gcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG-----------------
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------------------gatattgtggttatgttccttgagaacagtatgttcaagatagttttgtctgtttactg-atctgttctgttctgtattaacaggttctcctgtcaatctgCTCACTGCTCACGGACCCAAACCCTGATGATCCTCTTGTCCCTGAGATTGCTCACATGTACAAGACCGACAGGGCCAAGTATGAGTCCACCGCACGCTCC

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G18310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaaca-gtaatgag-tttgtgctctgtattttcaatgctggcc--tgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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---aatttaacatctaaagaaaatg-tgaaagctgtggattagagccgatatttattcaagtattcagacttaattacttaattattaatgcaatttgttgtagGTGCTACTTTCAATTTGCTCCCTGCTGACAGATCCCAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTGATATTGCTCACATGTACAAGACTGACAGAGACAAGTACG

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G35600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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---------------------gtaatctgatgatgattattatttttatttttaaatttttcttgtaatggatacttaaaatgttaaaact---ttgtagGTCCTCCTGTCTATATGCTCTCTGCTGACAGATCCCAACCCAGATGATCCTCTGGTGCCCGAGATTGCTCACATGTATAAGACTGACAGAGCCAAGTATG

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G17800.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatag-aggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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---------------------------gtaatagaataatttatttaatttaattttgttataatggat----acttaaaatgttaaaattt----tgtagGTTCTTCTGTCTATATGCTCTCTATTGACAGACCCTAACCCAGATGATCCTCTGGTGCCTGAGATTGCTCAAATGTACAAGACTAACAGAGCCAAGTATG

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G17740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctgg---cctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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-----------------------------------gtaacgaaataatttatttaatt--taattttcttgtaatggatacttaaaatgttaaaattgtgtagGTTCTTCTATCTATATGCTCTTTGCTGACAGACCCCAACCCAGATGATCCTCTAGTGCCTGAGATTGCTCAAATGTACAAGACTAACAGAGCCAAGTATC

upper sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G56150.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
-----ttttatttacc-agtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
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ctagatttaatttgtttaatgactctcattagcgagacaatgataatcttttatttgcatataagctgaagaactaaagttg-gtggtgcaatt-----tccgcagGTTCTTCTGTCGATATGCTCATTGCTGACGGATCCAAACCCTGACGATCCTTTGGTTCCTGAAATAGCGCACATCTACAAGACAGACCGAGTCAAGTACG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22010747|gb|BQ795781.1|BQ795781
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110397347|gb|EC963078.1|EC963078
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|71882326|gb|DT031381.1|DT031381
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|32457786|gb|CD798960.1|CD798960
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|32461233|gb|CD802407.1|CD802407
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|32458742|gb|CD799916.1|CD799916
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110397452|gb|EC963192.1|EC963192
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30305733|gb|CB982527.1|CB982527
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|18458569|gb|BM436847.1|BM436847
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30304918|gb|CB981712.1|CB981712
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCCCAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|28966983|gb|CB346016.1|CB346016
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110377673|gb|EC942753.1|EC942753
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110424378|gb|EC990737.1|EC990737
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110718424|gb|EE095241.1|EE095241
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30132111|gb|CB917450.1|CB917450
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|22011709|gb|BQ796743.1|BQ796743
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|27586838|gb|CB009533.1|CB009533
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30325577|gb|CD008839.1|CD008839
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|77579270|gb|DV218463.1|DV218463
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30326464|gb|CD009726.1|CD009726
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110724706|gb|EE100768.1|EE100768
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGTAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110716572|gb|EE091681.1|EE091681
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|110367321|gb|EC931251.1|EC931251
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|26261823|gb|CA812886.1|CA812886
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACGATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|27586209|gb|CB008904.1|CB008904
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30304847|gb|CB981641.1|CB981641
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|22012426|gb|BQ797460.1|BQ797460
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|32457491|gb|CD798665.1|CD798665
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|30303600|gb|CB980394.1|CB980394
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCCCAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
genomic: GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAGgtaatttgca ... tggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
EST: gi|28969210|gb|CB348243.1|CB348243
EST:     GCCTTGATATCCTGAAAGAGCAGTGGAGCCCTGCCCTCACAATATCCAAG                         GTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCC
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG
                                 tattttcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttttatttaccagtgaaagaaacagctgggacatagaggccatttagggtgccagaacagtaatgagtttgtgctctgtattttcaatgctggcctgcagGTGTTGCTCTCTATATGCTCGCTGCTGACGGATCCAAACCCGGATGATCCCTTGGTGCCAGAAATTGCCCACATGTACAAGACCGACAGAGCCAAATATG

- - - - - - - -aaagaaa
- - - - - - - - - - - cagctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gaggcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgtgc