1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ataaactcaacaccacactagtctgatctaacactgttgacaaatattcattttcaccaattttgttggaattgtaaatttaagtttgataatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGACCAGGTTGTTGGGATGATACCAAACTGGCCAGACAGGCTAACAAAAGCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0048g01990.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGAEST: gi|110710132|gb|EE086201.1|EE086201
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACAAGGATATCCTCTGTCAAGGATGAEST: gi|110687173|gb|EE064354.1|EE064354
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG GTACTTCCAGCTTAAGAAATGTGTGATGAGGAT--CCTCTGTCAAGGATGAEST: gi|29783073|gb|CB348973.2|CB348973
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGAEST: gi|110425458|gb|EC991843.1|EC991843
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGATGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGAEST: gi|34545974|gb|CF514206.1|CF514206
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACAAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
attcattttcaccaattttgttggaattgtaaatttaagtttgataatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGACCAGGTTGTTGGGATGATACCAAACTGGCCAGACAGGCTAACAAAAGCT
gtttgat putative branch site (score: 5)
aattgtaaatttaagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataaactcaacaccacactagtctgatctaacactgttgacaaatattcattttcaccaattttgttggaattgtaaatttaagtttgataatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGACCAGGTTGTTGGGATGATACCAAACTGGCCAGACAGGCTAACAAAAGCT
- aaactca
- - - - - caccaca
- - - - - - - - - - - - - -ctaacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgttgg