Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgttaaggaaaggaacaaacaattgcacatgtatttccacaggctaatcatatatctcatttttggtgcgcttttcatttatctttttaaactttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGAGGTAAAATATATGGAGTGCCTCTTGGAGGGACAATTTTGGAGCAGCCTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0065g00320.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351043926|gb|FQ431357.1|FQ431357
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351031738|gb|FQ459995.1|FQ459995
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351021488|gb|FQ446032.1|FQ446032
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|110731755|gb|EE106442.1|EE106442
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|352794354|gb|FQ481585.1|FQ481585
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGCTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|161709367|gb|FC059696.1|FC059696
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTG
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTG
EST: gi|110385861|gb|EC950417.1|EC950417
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349822011|gb|FQ408340.1|FQ408340
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351026847|gb|FQ436500.1|FQ436500
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351025243|gb|FQ433660.1|FQ433660
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351045391|gb|FQ447656.1|FQ447656
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATGAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351041115|gb|FQ444092.1|FQ444092
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351022613|gb|FQ447135.1|FQ447135
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351040449|gb|FQ434582.1|FQ434582
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349809487|gb|FQ414377.1|FQ414377
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349824245|gb|FQ417632.1|FQ417632
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|30304313|gb|CB981107.1|CB981107
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351016593|gb|FQ424020.1|FQ424020
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|110689479|gb|EE065738.1|EE065738
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|352786908|gb|FQ481283.1|FQ481283
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351043726|gb|FQ431079.1|FQ431079
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351025600|gb|FQ426614.1|FQ426614
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351025823|gb|FQ427835.1|FQ427835
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351038974|gb|FQ457649.1|FQ457649
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351018428|gb|FQ439240.1|FQ439240
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|37183940|gb|CF603294.1|CF603294
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351036694|gb|FQ457407.1|FQ457407
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351031403|gb|FQ445428.1|FQ445428
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351029736|gb|FQ427576.1|FQ427576
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351032941|gb|FQ461830.1|FQ461830
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349829562|gb|FQ420094.1|FQ420094
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACCAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|294965672|gb|GW837271.1|GW837271
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351051948|gb|FQ450639.1|FQ450639
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351024691|gb|FQ433106.1|FQ433106
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351017168|gb|FQ424595.1|FQ424595
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351017430|gb|FQ435783.1|FQ435783
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351017804|gb|FQ436157.1|FQ436157
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349827569|gb|FQ422437.1|FQ422437
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|156725857|gb|EV229968.1|EV229968
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349812437|gb|FQ407056.1|FQ407056
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351037015|gb|FQ460725.1|FQ460725
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|110699436|gb|EE076435.1|EE076435
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|352786494|gb|FQ479103.1|FQ479103
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATTAG                         AATATGCTACAAACTGGTCCGATTGTTGGTGGATGGGACAC-CATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|294964049|gb|GW837852.1|GW837852
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349824515|gb|FQ413182.1|FQ413182
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351053908|gb|FQ441674.1|FQ441674
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAGACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349825823|gb|FQ423118.1|FQ423118
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|352790114|gb|FQ481313.1|FQ481313
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351055242|gb|FQ440581.1|FQ440581
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349809005|gb|FQ407454.1|FQ407454
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATGCAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349813553|gb|FQ413787.1|FQ413787
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|110697799|gb|EE075191.1|EE075191
EST:     TGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: TGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351024243|gb|FQ423666.1|FQ423666
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349814982|gb|FQ410205.1|FQ410205
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|161715904|gb|FC065505.1|FC065505
EST:     GTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351031621|gb|FQ459878.1|FQ459878
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGCTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|352794401|gb|FQ481632.1|FQ481632
EST:     CTGCCAAGGTTGCTGCAACCCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAATCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|30304254|gb|CB981048.1|CB981048
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351013648|gb|FQ429789.1|FQ429789
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|71888991|gb|DT038046.1|DT038046
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351021529|gb|FQ446073.1|FQ446073
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|161719520|gb|FC066431.1|FC066431
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|110382788|gb|EC947109.1|EC947109
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349812407|gb|FQ406428.1|FQ406428
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349810332|gb|FQ401778.1|FQ401778
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTATCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|351043642|gb|FQ451573.1|FQ451573
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349830158|gb|FQ420418.1|FQ420418
EST:     CTGTCAAGGTCGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|71869506|gb|DT018561.1|DT018561
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACA
EST: gi|34544506|gb|CF512738.1|CF512738
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCGTACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|349824484|gb|FQ413151.1|FQ413151
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
EST: gi|71874115|gb|DT023170.1|DT023170
EST:     CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAG                         AATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA
genomic: CTGTCAAGGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGTTAATATCATACAATAATAAGgtatggtttt ... actttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcatatatctcatttttggtgcgcttttcatttatctttttaaactttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGAGGTAAAATATATGGAGTGCCTCTTGGAGGGACAATTTTGGAGCAGCCTT
 ggctaat  putative branch site (score: 3)
                          ttttcatttatctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgttaaggaaaggaacaaacaattgcacatgtatttccacaggctaatcatatatctcatttttggtgcgcttttcatttatctttttaaactttgacagAATATGCTACAAACTGGTCTGATTGTTGGTGGATGGGACAAGCATGAGGGAGGTAAAATATATGGAGTGCCTCTTGGAGGGACAATTTTGGAGCAGCCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - aaaggaa
- - - - - - - - aaacaat
- - - - - - - - - - - - gcacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacaggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttggtgc