Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttaaattaacgaactccaaaatctttctctgtgctagagtcagtttcttcatggataacttggtctcacatggtatatgtactcacagGTGCATTTCCAGAAGTACTATGATGCCGTAATGCCTTACCTGAAAGCTATTTTAGTGAATGCAAATGACAAATCTAATCGTATGCTTCGGGCTAAGTCAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07240.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g07240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g38760.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--------------------------------gtacttaaattaacgaactccaaaatctttctctgtgctagagtcagt--ttcttcatgg---ataacttggtctcacat---ggtatatgta-ctcacagGTGCATTTCCAGAAGTACTATGATGCCGTAATGCCTTACCTGAAAGCTATTTTAGTGAATGCAAATGACAAATCTAATCGTATGCTTCGGGCTAAGTCAA
                                 |  |      |  |     ||| ||     | | | ||    |   |  ||  | |  |   ||||  | || | | ||   ||| ||  |  ||  |||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| || || ||| | |||||||| || ||||| |
gtaatttgtccatgtataagttagcttaatttcttatagggggagggggacgcaacattaccttttatacttatcttgatggttaatgagagtttataatattgtgttaaattttggtgtacttgtcttgcagGAGCACTTCAAAAAATACTATGATGCAGTGATGCCATACCTGAAAGCTATTTTAATGAATGCAACTGATAAGTCCAATAGGATGCTTCGTGCCAAGTCTA

upper sequence: Vv08s0007g07240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G29010.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtacttaaattaacgaactccaaaatctttctctgtgctagagtcagtttcttcatggataacttggtctcacatggtatat-gtactcacagGTGCATTTCCAGAAGTACTATGATGCCGTAATGCCTTACCTGAAAGCTATTTTAGTGAATGCAAATGACAAATCTAATCGTATGCTTCGGGCTAAGTCAA
|| ||| |  || | ||           |||||  |  ||  | || |   || | |  | |     |   || ||  ||    |  | ||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||
gtgctttatgtagccaata---------ttctccatagtaatgacaatgcttttaagttttatact-taatacgtgaaatgccatgttaacagGTGCAATTTCAGAAGTATTATGATGCTGTGATGCCATACTTAAAAGCTATTTTGGTGAACGCAAATGATAAATCTAATCGTATGCTTCGAGCCAAAGCAA

upper sequence: Vv08s0007g07240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G04400.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtacttaaattaacgaactccaaaatctttctctgtgctagagtcagtttcttcatggataacttggtctcacatggtatat-gtactcacagGTGCATTTCCAGAAGTACTATGATGCCGTAATGCCTTACCTGAAAGCTATTTTAGTGAATGCAAATGACAAATCTAATCGTATGCTTCGGGCTAAGTCAA
|| ||| |  ||      ||||| ||   ||||  |  ||  | || |   || | |  | |      || | ||   || |  |  | ||||| ||| || |||||||| |||||||| || ||||| ||  | ||||||||| | ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||  |||
gtgctttatgta------tccaatat---tctccatagtaatgacaatgcttttaagttttatacttactaa-ataaaatgtcatgttaacagGAGCAATTTCAGAAGTATTATGATGCTGTGATGCCATATTTAAAAGCTATTCTGGTGAATGCAAACGATAAGTCTAATCGTATGCTTCGAGCCAAAGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagagtcagtttcttcatggataacttggtctcacatggtatatgtactcacagGTGCATTTCCAGAAGTACTATGATGCCGTAATGCCTTACCTGAAAGCTATTTTAGTGAATGCAAATGACAAATCTAATCGTATGCTTCGGGCTAAGTCAA
                             gtctcac  putative branch site (score: 3)
                                        tatatgta  TA-rich tract