Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgagttatgtggcttgtgattttgattcttagctattaggataaatgatcattcttttagtcccttgaagtttctacttaactgtctacctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCAGCAGGGAGGCTTCTGAAGAAGAGATCCAAGCTGCAAGGAACTTCCTGGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g02990.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g02990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g15033.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
ttgagttatgtg-gcttgtgattttgattcttagctattaggataaatgatcattcttttagtcccttgaagtttctacttaactgtctacctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCAGCAGGGAGGCTTCTGAAGAAGAGATCCAAGCTGCAAGGAACTTCCTGGT
|    | |  |   ||| | ||| |  |       |  | |  |  || |    | ||||       | |  |  ||  ||||| |  ||  || || |||| ||||||||||||||| || | |  || || ||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||| || ||| |
tgagatcacatatactttttattgtcctgtcggttttgttgtttggattagttcttttttgtaattatcacctcactttttaaccgcttaatttctt-cagCCATCTTTCCTAGAATCCATGTGAAGGATCCCTATCAGCGACTTGGAATCAGCAGGGAAGCATCTGAAGAAGAAATTCGAGCTGCCAGGAATTTTCTGAT

upper sequence: Vv04s0023g02990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G05670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-ttgagttatgtggcttgtgat-tttgattcttagctattaggataaatgatcattcttttagtcccttgaagtttctacttaactgtctacctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCAGCAGGGAGGCTTCTGAAGAAGAGATCCAAGCTGCAAGGAACTTCCTGGT
 ||      |   || | ||||  |||| |||    ||| |  |  | | || ||  | |   |  ||| |   || | || | |  |       | ||||||| | ||||| ||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||| |
ttttccacctaatgcatatgatacttgaatctcttatat-aaaaccattaat-atattatcgcttgctttatcattttgctgatcctttgctgcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAAGCAAGGAAGCTTCTGAAGATGAAATTCAAGGAGCAAGGAACTTCCTGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349812070|gb|FQ410867.1|FQ410867
EST:     CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTG                         CTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
genomic: CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTGgtacaactta ... ctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
EST: gi|351019782|gb|FQ439599.1|FQ439599
EST:     CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTG                         CTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
genomic: CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTGgtacaactta ... ctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
EST: gi|110363017|gb|EC926583.1|EC926583
EST:     CAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTG                         CTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
genomic: CAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTGgtacaactta ... ctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
EST: gi|71865980|gb|DT015035.1|DT015035
EST:     CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTG                         CTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
genomic: CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTGgtacaactta ... ctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA
EST: gi|351041360|gb|FQ447487.1|FQ447487
EST:     CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTG                         CTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGTTATCA
genomic: CAAGTGTTCAATGGGTGCTTCCTACGGTGATATGGCTGATGACCCAACTGgtacaactta ... ctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgatcattcttttagtcccttgaagtttctacttaactgtctacctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCAGCAGGGAGGCTTCTGAAGAAGAGATCCAAGCTGCAAGGAACTTCCTGGT
                               acttaac  putative branch site (score: 3)
                                     ctgtctaccttttt  CT-rich tract
      attctttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgagttatgtggcttgtgattttgattcttagctattaggataaatgatcattcttttagtcccttgaagtttctacttaactgtctacctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCAGCAGGGAGGCTTCTGAAGAAGAGATCCAAGCTGCAAGGAACTTCCTGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - gcttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggataaa