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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtgtcatttgacataccatcttaccacaatcatgatacattacatcttttttatttttctaattaaatcttataaaaattcatcaattcgccctctcgtgtagGAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g02050.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g02050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G37790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtagtgtcatttgacataccatcttaccacaatcatgatacattacatcttttttatttttctaattaaatcttataaaaattcatcaattcgccctctcgtgtagGAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG
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gtaccaatgcttaaaattgttgtttctgatacttaagagaaa--atgtttgtttccagccaaaatttcaactgtattaaaatttgaacttttgttct---gagaagGAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG

upper sequence: Vv04s0023g02050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA11G07530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtagtgtcatttgacataccatcttaccacaatcatgatacattacatcttttttatttttctaattaaatcttataaaaattcatcaattcgccctctcgtgtagGAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG
||||      || | | |  ||  |  |  |      |   |  |  | | |||         | || ||   ||| |||||   | || |     ||| | | |||| || || || |||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||
gtagcaatgcttaaaaaattattgtttctgatgttgaaccgaaaatgtttgtttccagccaaaatttcaactgtattaaaat--gtgaacttttattct-gagaagGAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110408581|gb|EC974217.1|EC974217
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|27584281|gb|CB006976.1|CB006976
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EST: gi|30137621|gb|CB922959.1|CB922959
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EST: gi|110725005|gb|EE101327.1|EE101327
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EST: gi|110714201|gb|EE090834.1|EE090834
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EST: gi|110729884|gb|EE106328.1|EE106328
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EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|349829323|gb|FQ419855.1|FQ419855
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTGATGCAG                         GAGCCGGTTTTGCCTGGTTCTTTTCCTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATG
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EST: gi|110370067|gb|EC934244.1|EC934244
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EST: gi|110401433|gb|EC968043.1|EC968043
EST:     CAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTGATGCAG                         GAGCCGGTTTTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|110716422|gb|EE091391.1|EE091391
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|22012437|gb|BQ797471.1|BQ797471
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTGATGCAG                         GAGCCGGTTTTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
genomic: GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAGgtagtgtcat ... tctcgtgtagGAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
EST: gi|27584381|gb|CB007076.1|CB007076
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|349830764|gb|FQ417062.1|FQ417062
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
genomic: GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAGgtagtgtcat ... tctcgtgtagGAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
EST: gi|110393667|gb|EC959071.1|EC959071
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTGATGCAG                         GAGCCGGTTTTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|71887667|gb|DT036722.1|DT036722
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTGATGCAG                         GAGCCGGTTTTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|27582969|gb|CB005664.1|CB005664
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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EST: gi|27582243|gb|CB004938.1|CB004938
EST:     GAACCATCTGTGAAGACAGCGATCCTATGGATGTCCTGATTCTAATGCAG                         GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATG
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttatttttctaattaaatcttataaaaattcatcaattcgccctctcgtgtagGAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG
        ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                      ttcgccctctc  putative PPT
     tttttctaattaaatc  TA-rich tract