Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   		53  
 5'  3'   		54  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggtatacatctattcacatatatttgttgtagctgtatattttcatttaatagaacttcttttgaacctcatctgacaagcaatctgtggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACAAATTGATCAATATGTTTCCTCACCTTTGGAGTACCAAAGGAAAAGAAGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g04630.t01
intron # 34
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g04630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 34
lower sequence: AT2G36810.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 30
ttggtatacatctattcacat--atatttgttgtagctgtatattttcatttaatagaacttcttttgaacctcatctgacaagcaatctgtggat-aatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACAAATTGATCAATATGTTTCCTCACCTTTGGAGTACCAAAGGAAAAGAAGT
  | | |  |       | ||  |    |  |  |  ||||| |    ||||  || || |  ||||   || | | |   | |  || |||| || ||  ||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| |  | |||||  |||||||||||||||| |||||  | || || ||||| |||||| ||
--gatttggagtctcaaatattgagtcctactacaagtgtatgtacaaatttg-tataagtatttttatgccgcttattcaatgatatatgtgcatgaactagTGGAGAGGATGGAAGAAGTCGAGCGGAGCAGCTTTTGCATCTGCTTAGACAGCTTGATCAATATGTTTCGTCACCCATTGATTATCAAAGAAAAAGAGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32271907|gb|CD721066.1|CD721066
EST:     CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAG                         TGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
genomic: CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAGgtaatatttg ... ggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
EST: gi|30326295|gb|CD009557.1|CD009557
EST:     CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAG                         TGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
genomic: CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAGgtaatatttg ... ggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
EST: gi|32272486|gb|CD721645.1|CD721645
EST:     CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAG                         TGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
genomic: CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAGgtaatatttg ... ggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
EST: gi|32247820|gb|CD713639.1|CD713639
EST:     CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAG                         TGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
genomic: CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAGgtaatatttg ... ggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
EST: gi|32270417|gb|CD719576.1|CD719576
EST:     CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAG                         TGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA
genomic: CCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAAGgtaatatttg ... ggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttaatagaacttcttttgaacctcatctgacaagcaatctgtggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACAAATTGATCAATATGTTTCCTCACCTTTGGAGTACCAAAGGAAAAGAAGT
                           atctgac  putative branch site (score: 3)
     aatagaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggtatacatctattcacatatatttgttgtagctgtatattttcatttaatagaacttcttttgaacctcatctgacaagcaatctgtggataatcagTGGAGAGGATGGAAGAAGTAGGGCAGAGCAGCTGTTGCATATTTTGAGACAAATTGATCAATATGTTTCCTCACCTTTGGAGTACCAAAGGAAAAGAAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - tattcac
- - - - - - - - - - - - - - -tgtagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaagca