Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattttctgctctagtttcaagtattcatttgcatggtaatatgagttttagattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCACGTCCTCTTTTGACTTTCTCAACCAATTTTGATAAGGACCCCCACTGGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g04550.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g04550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g37870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaattttctgctctagtttcaagtattcatttgcatggtaatatgagttttagattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacat---attttgtttat-tttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCACGTCCTCTTTTGACTTTCTCAACCAATTTTGATAAGGACCCCCACTGGAA
                                                                                                         | || ||  | |  ||  |  |||   |  | | |   |||||| |    |  |     | | |    | |  |    |  ||||||  |  ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| | || || || || ||||||||| |  | || |||||| |
---------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagtatgtcaagtatttgtgagctgtaatctgtac-aagattatggacattattccatcagtgcctaaatgtccagtaatgtttacatgcagTTCACACCATGGAGGAGTTGAAGCTTACAGGGAACCATCTGAAAGGGTCACGGCCTCTTATAACATTTTCTACAAATTTTGATGAACAACCTCACTGGCA

upper sequence: Vv07s0005g04550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G52930.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtaattttctgctctagtttcaagtattcatttgcatggtaatatgagttttagattgcctaatggacatatattttatgtattctgcatcattttttgtaccttggaactaacttatttaagtaagagggatcctttttcttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCACGTCCTCTTTTGACTTTCTCAACCAATTTTGATAAGGACCCCCACTGGAA
||||   ||      |   ||     ||  |||   ||| || |    |  |||||    | | | |  ||  | | |||  |||   ||||  || |||  ||||    |    ||| | |||      | | || |  ||    |||||  || | ||    |  ||| |      |  | ||| ||||  ||||||| | ||||||||| |||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||  | ||||||||
gtaagagtcgag---atcctctgactttagtttaagtggcaaga--gctgatagatctagtcacgtatttagctatgatgggttca--atcagcttgtgt--cttg----ttctatatctgagttct---gtttctgtaactatgtattttttggtaaaaggattt-ttacttt--tgttctctgtatattgaagTGCACGCAATGGAAGAGATGAAACTCACTGGAAATCATCTCAAAGGGTCACGTCCACTTTTGACATTCTCATCCAATTTTGATAAAGATGCGCACTGGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161716827|gb|FC068099.1|FC068099
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|34544827|gb|CF513059.1|CF513059
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|294967323|gb|GW836677.1|GW836677
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110417096|gb|EC983122.1|EC983122
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110723555|gb|EE101001.1|EE101001
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|34549744|gb|CF517976.1|CF517976
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110731138|gb|EE109014.1|EE109014
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|30252907|gb|CB970458.1|CB970458
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|71854618|gb|DT003673.1|DT003673
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTAAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAG
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAG
EST: gi|110702082|gb|EE080390.1|EE080390
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110720764|gb|EE096972.1|EE096972
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|37187733|gb|CF607086.1|CF607086
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110719294|gb|EE097103.1|EE097103
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCGTCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110685809|gb|EE062855.1|EE062855
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110732371|gb|EE107597.1|EE107597
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110373531|gb|EC937775.1|EC937775
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|27585576|gb|CB008271.1|CB008271
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110718547|gb|EE095508.1|EE095508
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|294965135|gb|GW836966.1|GW836966
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
EST: gi|110685111|gb|EE063162.1|EE063162
EST:     GATGGCCAAATGCCCCAGTGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTG                         TGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC
genomic: GATGGCCAAATGCCCCAATGGTCCATCTGTAAAATTTATGGTTGATGCTGgtaattttct ... tttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttaagattttaaggaagaacagctaattaatgagacatattttgtttattttagTGCACACTATGGAAGAGTTGAAGCTTACTGGGAATCATCTAAAAGGATCACGTCCTCTTTTGACTTTCTCAACCAATTTTGATAAGGACCCCCACTGGAA
                         aattaat  putative branch site (score: 3)
                                        ttttgttt  putative PPT
                        taattaatgagacata  TA-rich tract