Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttcttgtttgatccattgcatccataccttatctaacatatgttgtggatggtttttacttttatttttttaattttttcaaaacttgaatatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGGGCAAATTGGGTTCAAGGGCAGGACTGAGGATTACTTTTGAGAAGATCTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0080g00920.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0080g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G09730.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
cttcttgtttgatccattgcatccataccttatctaacatatGTTGTGGATGGTTTTTACTTTTATTTTTTTAATTTTTTCAAAACTTGAAT-ATCAACAGGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGGGCAAATTGGGTTCAAGGGCAGGACTGAGGATTACTTTTGAGAAGATCTC
 |   |     |    ||  |    |  ||  |   |   || || |  | |    | |     || ||  |||||    | |  | |   | ||   |||||| ||| |||| || |||||||||||  | ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||        |
atgaataaaacacatcttctactgttttctctttctaagcattttcttcaagacaatgaagac-atattgataattaacacgaggcatacgtcatgcgcagGTTATGGCTGGTTACGTGGCACCTTGGCTTGTTCATCTGCCTCACTTTTGGGCAAATTGGATTCAAGGGAAGGACTGAAGAGTACTTTTGAATTCCAAAC

upper sequence: Vv06s0080g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G18640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
cttcttgtttgatccattgcatccatac-cttatctaacatatGTTGTGGATGGTTTTTACTTTTATTTTTTTAATT-TTTTCAAAACTTGAATATCA-ACAGGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGGGCAAATTGGGTTCAAGGGCAGGACTGAGGATTACTTTTGAGAAGATCTC
       |  |||  ||   |   ||   ||| | |    |    | |  | |  ||||  |          ||||  ||  ||  |     |  |||  |||||| ||| |||| || |||||||||||  | ||| |   ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||        |
---taaataagatgaataaaacatatcttcttctattgttttctctttcaaagcattttcttcgagacacactaataattaacacgaggcatacgtcatgcagGTTATGGCTGGTTACGTGGCACCTTGGCTTGTTCATTGTCCTCACTTTTGGGCAAATTGGATTCAAGGGAAGGACTGAAGACTACTTTTGAATTCTAAAC

upper sequence: Vv06s0080g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S248_60V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-----------------------------------------------------cttcttgtttgatc-cattgcatccataccttatctaacatatGTTGTGGATGGTTTTTACTTTTATTTTTTTAATTTTTTCAAAACTTGAATATC----AACAGGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGGGCAAATTGGGTTCAAGGGCAGGACTGAGGATTACTTTTGAGAAGATCTC
                                                     |||  ||||  ||| |   |  | || || || ||||         |||| |  ||   |   || |  | || || |    ||||  ||    ||    | ||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||| ||    | ||| |||| || || |||||||| ||| |    || |  ||||              
gtacgttcacaattcaacatctgtgtattcagtgttatcagactcagagagaccttaatgttgtatcgcggagtttgcagactttgtctatggagaaacgtgggt--ttcagatgattgtagtgttgatct----aaaatgtggtgctcttgaaccagGTTGTGGATGGTCACATGGCACGTGGGTTTGTTCATCGTGTTGACTCTTGGCCAGATCGGGTTCAAAGGCCGCCAGGACGGCTACTG-------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77579510|gb|DV218598.1|DV218598
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110360932|gb|EC924377.1|EC924377
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71871288|gb|DT020343.1|DT020343
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110393744|gb|EC959201.1|EC959201
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71869800|gb|DT018855.1|DT018855
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71871552|gb|DT020607.1|DT020607
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71868802|gb|DT017857.1|DT017857
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71872863|gb|DT021918.1|DT021918
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71865768|gb|DT014823.1|DT014823
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77588725|gb|DV223575.1|DV223575
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110378011|gb|EC943119.1|EC943119
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|34319251|gb|CF372005.1|CF372005
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110387387|gb|EC952048.1|EC952048
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|32245350|gb|CD711169.1|CD711169
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|351016670|gb|FQ424097.1|FQ424097
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|18459796|gb|BM438074.1|BM438074
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77587129|gb|DV222696.1|DV222696
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71871100|gb|DT020155.1|DT020155
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110373654|gb|EC937909.1|EC937909
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77582845|gb|DV220403.1|DV220403
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77587875|gb|DV223137.1|DV223137
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110369963|gb|EC934137.1|EC934137
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|37188595|gb|CF607944.1|CF607944
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77582726|gb|DV220350.1|DV220350
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|30322793|gb|CD006055.1|CD006055
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGAGGATGGTCACATGGCACCTTGTTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77577525|gb|DV217509.1|DV217509
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71870975|gb|DT020030.1|DT020030
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71872866|gb|DT021921.1|DT021921
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77584556|gb|DV221356.1|DV221356
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77579155|gb|DV218405.1|DV218405
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71874656|gb|DT023711.1|DT023711
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110372304|gb|EC936457.1|EC936457
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110385223|gb|EC949727.1|EC949727
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77587894|gb|DV223149.1|DV223149
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77588195|gb|DV223307.1|DV223307
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77577589|gb|DV217535.1|DV217535
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71870754|gb|DT019809.1|DT019809
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110384824|gb|EC949289.1|EC949289
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77577521|gb|DV217507.1|DV217507
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110394454|gb|EC959434.1|EC959434
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71866749|gb|DT015804.1|DT015804
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71890835|gb|DT039890.1|DT039890
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77579382|gb|DV218522.1|DV218522
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77581299|gb|DV219581.1|DV219581
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71870362|gb|DT019417.1|DT019417
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71867890|gb|DT016945.1|DT016945
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|351017820|gb|FQ436173.1|FQ436173
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71866641|gb|DT015696.1|DT015696
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110390642|gb|EC955562.1|EC955562
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71890608|gb|DT039663.1|DT039663
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77579248|gb|DV218450.1|DV218450
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|71871686|gb|DT020741.1|DT020741
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|27582599|gb|CB005294.1|CB005294
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|77579633|gb|DV218669.1|DV218669
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110694621|gb|EE071887.1|EE071887
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|37187416|gb|CF606769.1|CF606769
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|110686453|gb|EE064109.1|EE064109
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|27581789|gb|CB004484.1|CB004484
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
EST: gi|18458053|gb|BM436331.1|BM436331
EST:     ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTG                         GTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG
genomic: ACCGAGCTCTCTCACTTCCCTACTGGACCTGCTCTCACTTCTCCCTTTTGgtcagttcat ... atatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggatggtttttacttttatttttttaattttttcaaaacttgaatatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGGGCAAATTGGGTTCAAGGGCAGGACTGAGGATTACTTTTGAGAAGATCTC
                       ttttaat  putative branch site (score: 3)
        tttttacttttatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttcttgtttgatccattgcatccataccttatctaacatatgttgtggatggtttttacttttatttttttaattttttcaaaacttgaatatcaacagGTTGTGGATGGTCACATGGCACCTTGGTCTATTCCTCTGCCTTACTTTTGGGCAAATTGGGTTCAAGGGCAGGACTGAGGATTACTTTTGAGAAGATCTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
cttcttg
- - - - - - -ccattgc
- - - - - - - - - - - ccatacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaactt