1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ggttcaattaatattgtcttagatgggtttgactttgtaatgcgtatgcttttgaattattgatatgtgttgaaaagttcagaatgaatgggtggaacagGAGCTCGCAACTGGAAATGGGTGACAAAGAGGTTGATGGGGTGCGGGCTAAATGCATACCAAGAAGGTCCAAGACTTTATCGGCAAAGAAAGAGAGCAAC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g04150.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgcttttgaattattgatatgtgttgaaaagttcagaatgaatgggtggaacagGAGCTCGCAACTGGAAATGGGTGACAAAGAGGTTGATGGGGTGCGGGCTAAATGCATACCAAGAAGGTCCAAGACTTTATCGGCAAAGAAAGAGAGCAAC
tattgat putative branch site (score: 3)
tttgaattattgatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggttcaattaatattgtcttagatgggtttgactttgtaatgcgtatgcttttgaattattgatatgtgttgaaaagttcagaatgaatgggtggaacagGAGCTCGCAACTGGAAATGGGTGACAAAGAGGTTGATGGGGTGCGGGCTAAATGCATACCAAGAAGGTCCAAGACTTTATCGGCAAAGAAAGAGAGCAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - gggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gtaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagaatg