1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tggcaaacttgctattttgatttcttatttgacaagacatgtatacctgcaatctgccaaattaaattaatattttgtttccttataattgttgttgtagGTTTATGGAGAGTTCGTCAGTGGGTCCATAACTGATGAACAGAGGATGAATGTTGTCCGAAATTCATGCCCAGGAGCAGGAGCTTGTGGTGGAATGTATA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0051g00830.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTGGTCATTTTCAAGGCCATACTTACGACATAATATCTGCCTTTCAG GTTTATGGAGAGTTCGTCAG
genomic: CCTGGTCATTTTCAAGGCCATACTTACGACATAATATCTGCCTTTCAGgtacacagtg ... gttgttgtagGTTTATGGAGAGTTCGTCAG
cctgcaatctgccaaattaaattaatattttgtttccttataattgttgttgtagGTTTATGGAGAGTTCGTCAGTGGGTCCATAACTGATGAACAGAGGATGAATGTTGTCCGAAATTCATGCCCAGGAGCAGGAGCTTGTGGTGGAATGTATA
aattaat putative branch site (score: 3)
aaattaaattaatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggcaaacttgctattttgatttcttatttgacaagacatgtatacctgcaatctgccaaattaaattaatattttgtttccttataattgttgttgtagGTTTATGGAGAGTTCGTCAGTGGGTCCATAACTGATGAACAGAGGATGAATGTTGTCCGAAATTCATGCCCAGGAGCAGGAGCTTGTGGTGGAATGTATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
-ggcaaac
- - - - - - - - - - - - - - - gacaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaattaa