1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcaaacagtccattcaagaagtaagcttttgaaccatgcttttgcaaatcgcccacgaagaatgaatacttagaatgtaggtactctggatgtgtaccagGTGAACAGTGAGCACCCACTAGCCAAGGCCATTGTAGAATATGCTAAGAAATTCAGAGAAGATGAAGAGAATCCCACCTGGCCAGAAGCCAAAGATTTCG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv02s0025g03640.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAAAATATGGCACTCCAAGAATTCTATGAACTTGTTGCAGCCACTGAG GTGAACAGTGAGCACCCACTAGCCAAGGCCATTGTAGAATATGCTAAGAAA
genomic: TGAAAAATATGGCACTCCAAGAATTCTATGAACTTGTTGCAGCCACTGAGgtaggccttt ... tgtgtaccagGTGAACAGTGAGCACCCACTAGCCAAGGCCATTGTAGAATATGCTAAGAAA
aaatcgcccacgaagaatgaatacttagaatgtaggtactctggatgtgtaccagGTGAACAGTGAGCACCCACTAGCCAAGGCCATTGTAGAATATGCTAAGAAATTCAGAGAAGATGAAGAGAATCCCACCTGGCCAGAAGCCAAAGATTTCG
aatgaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaaacagtccattcaagaagtaagcttttgaaccatgcttttgcaaatcgcccacgaagaatgaatacttagaatgtaggtactctggatgtgtaccagGTGAACAGTGAGCACCCACTAGCCAAGGCCATTGTAGAATATGCTAAGAAATTCAGAGAAGATGAAGAGAATCCCACCTGGCCAGAAGCCAAAGATTTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
tcaaaca
- - - - -ccattca
- - - - - - - - agaagtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgcccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctgga