Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggaatgttttttaattttatttctggaatgaacaaatatctatgaattttcttttttattttcatatgatgcttatttaatatttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAAGTACATTCATGGTGATGTATTCCGGTACCCAAAGTACAAATCCTTGTTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g06540.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161716884|gb|FC068118.1|FC068118
EST:     GTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAG-A-AAACTGGATGGAA
genomic: GTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|351031142|gb|FQ444969.1|FQ444969
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|33409668|gb|CF215295.1|CF215295
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|349822988|gb|FQ399967.1|FQ399967
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|110719578|gb|EE094828.1|EE094828
EST:     GATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|161716885|gb|FC068119.1|FC068119
EST:     GTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAG-A-AAACTGGATGGAA
genomic: GTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|351019420|gb|FQ429555.1|FQ429555
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|110729453|gb|EE105418.1|EE105418
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|33402817|gb|CF208444.1|CF208444
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|349821254|gb|FQ404386.1|FQ404386
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
EST: gi|110374335|gb|EC939011.1|EC939011
EST:     GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAA                         GTATGCTCATGATGAAGAATCAGCTGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA
genomic: GGGTTTCTTGCGACGATTCTCATGCGAGTCCTTAAGAATGATTTTATTAAgtacggaatg ... atttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctatgaattttcttttttattttcatatgatgcttatttaatatttttaaagGTATGCTCATGATGAAGAATCAGCCGATGACCAAGAAGAAACTGGATGGAAGTACATTCATGGTGATGTATTCCGGTACCCAAAGTACAAATCCTTGTTT
                                      atttaat  putative branch site (score: 4)
                                            tattttt  CT-rich tract
               ttttttattttcatat  TA-rich tract