Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcttactttttttcacatggacctttgtcatcaacataaaaaagttgcttaatgtccaattctccttttcagGATCCTAATGCAAATAATCTGGTTGCTAGCACCACATTTTACTCGGAGAGTACACGGGCCATGTTATGTTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g01170.t01
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110359386|gb|EC920788.1|EC920788
EST:     AAATGGCGAACTTGTTTAACAGTTTGCGGTTGATGGTTTGTCCTGAGCTT                         GATCCTAATGCAAATAATCTGGTTGCTAGCACCACATTTTACTCAGAGAGT
genomic: AAATGGCGAACTTGTTTAACAGTTTGCGGTTGATGGTTTGTCCTGGGCTTgtaagttctt ... tccttttcagGATCCTAATGCAAATAATCTGGTTGCTAGCACCACATTTTACTCGGAGAGT
EST: gi|110703483|gb|EE080368.1|EE080368
EST:     AAATGGCGAACTTGTTTAACAGTTTGCGGTTGATGGTTTGTCCTGGGCTT                         GATCCTAATGCAAATAATCTGGTTGCTAGCACCACATTTTACTCAGAGAGT
genomic: AAATGGCGAACTTGTTTAACAGTTTGCGGTTGATGGTTTGTCCTGGGCTTgtaagttctt ... tccttttcagGATCCTAATGCAAATAATCTGGTTGCTAGCACCACATTTTACTCGGAGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggacctttgtcatcaacataaaaaagttgcttaatgtccaattctccttttcagGATCCTAATGCAAATAATCTGGTTGCTAGCACCACATTTTACTCGGAGAGTACACGGGCCATGTTATGTTTG
                             gcttaat  putative branch site (score: 4)
                                     tccaattctccttttc  CT-rich tract
            atcaacataaaaaa  TA-rich tract