Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ttaaccaatagttgtgttctgtgcaacactgtccccacgagcagggattgcatccacatccatcaaaaaataactttaaatttcttccatggatgtgcagAGGCGCAAGCTTGTGGAGCGAGAACTTGAGAAAGCACGGGAGGATATTCCTGAATATAGGAAACAGGCTGAGGATGCTGAAGATGCAAAAACTCAAGCAC
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gattgcatccacatccatcaaaaaataactttaaatttcttccatggatgtgcagAGGCGCAAGCTTGTGGAGCGAGAACTTGAGAAAGCACGGGAGGATATTCCTGAATATAGGAAACAGGCTGAGGATGCTGAAGATGCAAAAACTCAAGCAC
aaataac putative branch site (score: 2)
atcaaaaaataacttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ttaaccaatagttgtgttctgtgcaacactgtccccacgagcagggattgcatccacatccatcaaaaaataactttaaatttcttccatggatgtgcagAGGCGCAAGCTTGTGGAGCGAGAACTTGAGAAAGCACGGGAGGATATTCCTGAATATAGGAAACAGGCTGAGGATGCTGAAGATGCAAAAACTCAAGCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
-taaccaa
- - - - - - tgtgttc
- - - - - - - - - - - gcaacac
- - - - - - - - - - - - - - - -tccccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat