Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggcagtgtgcatttttaattggttgcaaggttttaacttctgtgcttgtaagagtgttttatacaccctgtacttatgttgttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g02230.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g46620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-ttggcagtgtgcatttttaattggtt--gcaaggttttaacttctg-tgcttgtaagagtgttttatacaccctgtacttatgttgttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG
 ||      ||     ||  ||  |||  |||       ||   ||| |  ||  || || |||   |  |   ||  || ||   |   ||   |  ||  ||||||| || ||||||||||||||||| || || || |||||||| || || ||  | | |||||||||||| ||||||||||| ||||||
attaatgaagttagacttagatcagttctgcaccacaccaatccctgataattccaaaag-gttggctggaa--tgagctaattgagcatatccttc-ttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCATTTTGAGGATGTTGGAAGTCGAGCATCCAGCAGCCAAG

upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G039263_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
----ttggcagtgtgcatttttaattggttgcaaggttttaacttctgtgcttgtaagagtgttttatacaccctgtacttatgttgttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG
      |  |  |   ||   |||  |      ||  | | |  | ||| || |||      |       | |    ||| ||   |  ||||  |  || |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
acgagagaaatagccaatacgtaa--gagcatgagtatctgatgtatgtact-gtactctaatcaggagaagcgaaaactaattcagcgcatttttc-ttacagATGCTAGTGGACGATATTGGTGATGTTACAATCACTAATGATGGAGCAACCATACTTAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCCGCCAAG

upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G110626_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
ttggcagtgtgcatttttaattggttgcaaggttttaacttctgtgcttgtaagagtgttttatacac------cctgtacttatgttgttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG
     |      ||     ||   |   |  |  | |   | ||   |   ||  |   || |  ||            ||| ||   || ||||  || || |||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
-----aagaaaaatcaccgatacataaaagagcatgagtctatgatgtatgaaatgcacttcaatcaggagaaatgaaaactaattcagtacattc-tgcttacagATGCTAGTGGACGATATCGGTGATGTTACAATCACTAATGATGGTGCAACCATACTTAAGATGTTGGAAGTTGAGCACCCAGCTGCCAAG

upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G20050.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
---ttggcagtgtgcatttttaattggttgcaaggttttaacttctgtgcttgtaagagtgttttatacaccctgtacttatgtt--gttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG
   ||   ||| |  ||| | |||    |||  | | ||  | | |||  ||       |  ||  | ||  |     | |||||  |||   |  || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || || | ||||||||| || ||||| || ||||| |||
ccatttctagttt-tattctaaatc---tgctcgatattgtcctttgtattttcgttcctagttcctccaatcgtgtttcatgttatgttggcttgtg-tttcagATGTTGGTGGATGATATTGGTGATGTGACTATTACAAATGATGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAGCACCCTGCTGCTAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825285|gb|FQ418006.1|FQ418006
EST:     CGGTTGCCAACATTGTAAAGTCCTCTCTCGGGCCTGTTGGACTGGACAAG                         ATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACA
genomic: CGGTTGCCAACATTGTAAAGTCCTCTCTCGGGCCTGTTGGACTGGACAAGgtacatatct ... atgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACA
EST: gi|110691850|gb|EE070424.1|EE070424
EST:     CGGTTGCCAACATTGTAAAGTCCTCTCTCGGGCCTGTTGGACTGGACAAG                         ATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGCGCTACA
genomic: CGGTTGCCAACATTGTAAAGTCCTCTCTCGGGCCTGTTGGACTGGACAAGgtacatatct ... atgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACA
EST: gi|351026648|gb|FQ436301.1|FQ436301
EST:     CGGTTGCCAACATTGTAAAGTCCTCTCTCGGGCCTGTTGGACTGGACAAG                         ATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACA
genomic: CGGTTGCCAACATTGTAAAGTCCTCTCTCGGGCCTGTTGGACTGGACAAGgtacatatct ... atgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttgtaagagtgttttatacaccctgtacttatgttgttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG
                                        cattgat  putative branch site (score: 4)
           tgttttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggcagtgtgcatttttaattggttgcaaggttttaacttctgtgcttgtaagagtgttttatacaccctgtacttatgttgttcattgatgatttcagATGCTGGTTGATGATATTGGTGATGTAACAATTACTAATGATGGTGCTACAATACTCAAGATGTTGGAAGTTGAGCATCCAGCTGCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - gtgcatt
- - - - - - - - - - -tggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacaccc