1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaatgccttctaattttctaacaaaatcataacccataatgtacttatcgaaatttatctgtgttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCCAGAAGTTCGACCCGGAATTCGCTGCCCTACTGGAGAAGCAAGAATTAC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0067g02950.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|71876452|gb|DT025507.1|DT025507
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|351014566|gb|FQ437568.1|FQ437568
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|349812975|gb|FQ411215.1|FQ411215
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|34550530|gb|CF518748.1|CF518748
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|110690444|gb|EE067550.1|EE067550
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|351014429|gb|FQ437431.1|FQ437431
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|34550147|gb|CF518365.1|CF518365
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGGCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|349815351|gb|FQ400506.1|FQ400506
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCEST: gi|71858450|gb|DT007505.1|DT007505
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
EST: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAG CCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
genomic: GTTAATCCAGCAAATGAACGAATGCTTGGAGGTGGTGGTGCTGATGGAGgtaatgcctt ... ttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCC
taacaaaatcataacccataatgtacttatcgaaatttatctgtgttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCCAGAAGTTCGACCCGGAATTCGCTGCCCTACTGGAGAAGCAAGAATTAC
tctgtgttttcctt CT-rich tract
ttatcgaaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatgccttctaattttctaacaaaatcataacccataatgtacttatcgaaatttatctgtgttttccttagCCATACATAGAGCTGCTGGTCCAGAGCTTGTAGCAGCTTGCTATAAGGTCCCAGAAGTTCGACCCGGAATTCGCTGCCCTACTGGAGAAGCAAGAATTAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA