1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tcatgttgtaatacatctctttactgtatttttagtgtaaataagattgcttaagcttttaagtttccaaaatgttgatttcatatttgtctctcttcagGTGGTTGTCTGTCTTTATGTGCTATCGGCTTTAGGACGGGTGGTCTCAGGTGTTACAGTTGCTTATGCCG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0054g00800.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTTTTGAGAGTTGCAGCAACTGGGCATGATAAGAGGCTCTTTGTTAAG GTGGTTGTCTGTCTTTATGTGCTATCGGCTTTAGGACGGGTGGTCTCAGGT
genomic: CTGTTTTGAGAGTTGCAGCAACTGGGCATGATAAGAGGCTCTTTGTTAAGgtaatcttta ... ctctcttcagGTGGTTGTCTGTCTTTATGTGCTATCGGCTTTAGGACGGGTGGTCTCAGGT
attgcttaagcttttaagtttccaaaatgttgatttcatatttgtctctcttcagGTGGTTGTCTGTCTTTATGTGCTATCGGCTTTAGGACGGGTGGTCTCAGGTGTTACAGTTGCTTATGCCG
tgttgat putative branch site (score: 4)
tatttgtctctcttc putative PPT
ttgatttcatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatgttgtaatacatctctttactgtatttttagtgtaaataagattgcttaagcttttaagtttccaaaatgttgatttcatatttgtctctcttcagGTGGTTGTCTGTCTTTATGTGCTATCGGCTTTAGGACGGGTGGTCTCAGGTGTTACAGTTGCTTATGCCG
tcatgtt
- - - - - - -catctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaaaat