Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g05800.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g11050.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
     ||    | |||   |   || |||    ||   | | ||      |      ||  |||    || | |  | |||| || |     |     | ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| || | ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||||||||| 
gatctgtcacat-tgtcatttggttctgttagccctttttgtaatggaaatcctaaatttctgt----ttaccagtgctattaacttctcaatataattattcagGTACATCCAGAAGGCAAATATGTGGTGGATATTGATAAAAGCATTGATATTACAAAGATCACACCTTCAACAAGAGTTGCTCTTCGAAATGATAGCTATA

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G107362_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggttat-tcaccttcttt--tccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
  |     | |   ||     |       |  |  ||   || ||    ||| |    ||    || ||  || || | | |||| |   |     || |||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||| 
--tccaaatcttactattggattccttgtcttagcgctctcaatggg-agttctaacttcctggttataaagtgatgttaacttcctaaatgaaattgctcagGTACATCCCGAAGGCAAATATGTGGTGGATATAGATAAGAGCATTGATATCACTAAGATCACACCTTCAACAAGAGTTGCTCTTCGGAATGACAGCTATA

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G137528_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggt--tattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
   | |   | |   |  | |   ||    | ||       || ||   | | |   |  ||  ||   |  ||  |||  || ||||  |     || ||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | || |||||||||||| 
aaatattgttattattggactgctta---tctgagcattctcaatgggagttctaacttcctggttgtcaaagtgatatcaactttctaatgaaattgctcagGTACACCCCGAAGGCAAATATGTTGTTGATATAGATAAGAGCATTGATATCACAAAGATCACACCTTCAACAAGAGTCGCTCTTCGTAATGATAGCTATA

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA07G00420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttt--tcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
 || |     ||  ||  | |   |  || |    |  ||     ||    |   ||   ||  |  || || ||  |     ||| ||| |   | ||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||||| || || || || |||||||| || ||||| |||||||||||  | || || || || ||||
-ttatgca-atgtttagttctgaaaagacacatctgtcaaattaataaaactggatcaaatccaagatcaattgtgctgatttttcctttacacttcttcagGTCCACCCAGAAGGAAAATATGTTGTTGACATTGACAAAAATATTGACATTACAAAGATTACTCCATCCACTAGAGTTGCACTCCGCAACGACAGTTATG

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G24000.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gttgtctgtgtgggtacattttgtaga---acccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
    | ||    | |   || || | |   ||   ||   ||  | |  |      ||    |  |  || || ||  |     ||| ||| ||  | ||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||| |  || || || |||||||| || ||||| |||||||||||  | || || || || ||||
---ttatgcaatgtttagttctgaaaacacacgtcatcctaattaataaaacaggatcaaaaccaagatcaattgtgctgatttttcctttactcttcttcagGTCCACCCAGAAGGAAAATATGTCGTTGATATTGACAAAAGTATTGACATTACAAAGATTACTCCATCCACTAGAGTTGCACTTCGCAACGACAGTTATG

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G19990.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
                     | |  | |    |    | || ||| ||  |||||     |||   | |   ||     |||    |||   | | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| || || || ||||| |||||||| ||||||||| | || |||||||||||||
--------------------gtatgaatcttttttattatca-tgtttgtatttctacgaacatagttgtcagtaa--ggcttacactcccattttccagGTTCATCCAGAGGGGAAGTATGTTGTTGATATTGACAAAAGTATAGACATTACGAAAATCACTCCATCAACGAGAGTTGCTCTTCGTAATGATAGCTATG

upper sequence: Vv09s0002g05800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G20000.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtc-tcatttctatggttattcacc--ttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
       || ||  |   |||| | | |     |||  |   || | ||  ||  |||   |||| |  |   | ||  |    | |||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| || || ||  |||| |||||||| ||||||||| | || |||||||||||||
-------gtatgaatgt-ttttatcgtattatctag--attggtttttgaattgtttgcaatcatatgaacattgatagaataatactttcccatgt-ttcagGTTCATCCAGAGGGGAAGTATGTTGTCGATATTGACAAAAGTATAGACATAACGAAACTCACTCCATCAACGAGAGTTGCTCTCCGTAATGATAGCTATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110393121|gb|EC958077.1|EC958077
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110698891|gb|EE076909.1|EE076909
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|156737153|gb|EV241267.1|EV241267
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110713901|gb|EE090225.1|EE090225
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|26256905|gb|CA807968.1|CA807968
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110699382|gb|EE076332.1|EE076332
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|110707762|gb|EE084531.1|EE084531
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|71861768|gb|DT010823.1|DT010823
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|294964426|gb|GW838229.1|GW838229
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|30322287|gb|CD005549.1|CD005549
EST:     GGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: GGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|161713411|gb|FC063391.1|FC063391
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|161716828|gb|FC068100.1|FC068100
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATC
EST: gi|71858853|gb|DT007908.1|DT007908
EST:     ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAG                         GTACATCCAGAAGGGAAGGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATTT
genomic: ATGTTGGTGAAGTTGTCAAAGTTATGGGGAAGTCAAAGGTCTTAGTTAAGgttagtggga ... ttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAG-TATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggttttcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG
                              ttcaccttcttttcct  CT-rich tract
                 atttctat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgtctgtgtgggtacattttgtagaacccgatagcaaacagtgtatggttttcttgtctcatttctatggttattcaccttcttttccttgtgttcagGTACATCCAGAAGGGAAGTATGTTGTAGATATTGACAAGAACATAGATATCACAAAGATCACACCATCAACTAGAGTTGCTTTACGGAATGATAGCTATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - - -gtgtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccttc