1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cttgtgcaacaagcttctggcatttgtaaagactgttatatttatgttgcaataaatcgtcttagactctggaaatactgattctttattgtattgccagAAACTTCCAATGACTGCTGAAGAATTCATCAGCAGCACACCGCATGTGTCTGAGGATGGAGGAGTTATACTTGGGTCCAAGCAAACTACTGTGTTTCTGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0031g02180.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gttgcaataaatcgtcttagactctggaaatactgattctttattgtattgccagAAACTTCCAATGACTGCTGAAGAATTCATCAGCAGCACACCGCATGTGTCTGAGGATGGAGGAGTTATACTTGGGTCCAAGCAAACTACTGTGTTTCTGC
tactgat putative branch site (score: 2)
attctttattgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgtgcaacaagcttctggcatttgtaaagactgttatatttatgttgcaataaatcgtcttagactctggaaatactgattctttattgtattgccagAAACTTCCAATGACTGCTGAAGAATTCATCAGCAGCACACCGCATGTGTCTGAGGATGGAGGAGTTATACTTGGGTCCAAGCAAACTACTGTGTTTCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
cttgtgc
- - - -aacaagc
- - - - - - - - - -gcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaata