1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgtggtttgtgcttgtagtgtatggtttttcatgctttatcctcatttatgtagttttagaattaatttgtttatatgatggccttttccactttactagGAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTAGATTACTACAGTGGACCTGATAGAGTAACTGCAAAGAAACAACAAGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0061g00030.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCCGTTCCTGATGCAGTATGAGGGAATTCAGAGTCAAGAAGAGTGGGAG GAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTAEST: gi|110425694|gb|EC992084.1|EC992084
genomic: AGCCGTTCCTGATGCAGTATGAGGGAATTCAGAGTCAAGAAGAGTGGGAGgtaatctact ... actttactagGAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTA
EST: AGCCGTTCCTGATGCAGTATGAGGGAATTCAGAGTCAAGAAGAGTGGGAG GAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTA
genomic: AGCCGTTCCTGATGCAGTATGAGGGAATTCAGAGTCAAGAAGAGTGGGAGgtaatctact ... actttactagGAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTA
tttatgtagttttagaattaatttgtttatatgatggccttttccactttactagGAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTAGATTACTACAGTGGACCTGATAGAGTAACTGCAAAGAAACAACAAGAAG
aattaat putative branch site (score: 3)
ccttttccactttact putative PPT
tagttttagaattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtggtttgtgcttgtagtgtatggtttttcatgctttatcctcatttatgtagttttagaattaatttgtttatatgatggccttttccactttactagGAAGTCATGAAGGAAACAATGGAAAACGTTCCATATCTGAAAGAACTTGTAGATTACTACAGTGGACCTGATAGAGTAACTGCAAAGAAACAACAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - gtgcttg
- - - - - - - - - tgtatgg
- - - - - - - - - - - - - - -tcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - atcctca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgatgg