Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgatagtatgttgtagttttttattttttggttcgaatttccttttgttttggtgtgtgatctcgaatctgctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTGTCTGGCATGCCACTGATTTTGCTGATGGAGAATTGAAGGATGAGCTTTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g06880.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110399769|gb|EC966295.1|EC966295
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110685360|gb|EE063691.1|EE063691
EST:     TGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: TGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110694049|gb|EE070825.1|EE070825
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110364054|gb|EC927696.1|EC927696
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|33402476|gb|CF208103.1|CF208103
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110710444|gb|EE086786.1|EE086786
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|161707126|gb|FC056389.1|FC056389
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110686104|gb|EE063409.1|EE063409
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|351042794|gb|FQ431272.1|FQ431272
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110689315|gb|EE065434.1|EE065434
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|37183761|gb|CF603115.1|CF603115
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110362114|gb|EC925626.1|EC925626
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|294966177|gb|GW839400.1|GW839400
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|37184112|gb|CF603466.1|CF603466
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110723271|gb|EE100389.1|EE100389
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110416768|gb|EC982772.1|EC982772
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110724975|gb|EE101275.1|EE101275
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110726623|gb|EE102567.1|EE102567
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110717640|gb|EE093673.1|EE093673
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110732314|gb|EE107490.1|EE107490
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110687654|gb|EE065310.1|EE065310
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110687655|gb|EE065311.1|EE065311
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110372303|gb|EC936456.1|EC936456
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
EST: gi|110721265|gb|EE098063.1|EE098063
EST:     GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAG                         TTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG
genomic: GCTCGTTATGCGACAATCGAAGACTCTCAAGATCTGTGCGAATCATCTAGgtgtgatagt ... gctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttggttcgaatttccttttgttttggtgtgtgatctcgaatctgctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTGTCTGGCATGCCACTGATTTTGCTGATGGAGAATTGAAGGATGAGCTTTT
                 ttttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgatagtatgttgtagttttttattttttggttcgaatttccttttgttttggtgtgtgatctcgaatctgctgttgcagTTCTACCGACTATGTCAGTTCAGGAGCATGCTGGTAACGATAAGTCCTGTGTCTGGCATGCCACTGATTTTGCTGATGGAGAATTGAAGGATGAGCTTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT