1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ataatttgaagtactcccgcatcaatagttctgtttaaaacatgtggatttttcgatttttgtatccataatggtgctcaattgtttattgataattcagGTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTGGTGACCGACCACGGAGGAGGAGATGACACCGACTTCATCCTCAGCCGGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0309g00090.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGTTTCTAGGCTATACAGGGATGGGACTGGCTGCGGTGCATGCTATCAG GTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTGEST: gi|161713869|gb|FC062854.1|FC062854
genomic: CAGTTTCTAGGCTATACAGGGATGGGACTGGCTGCGGTGCATGCTATCAGgtaattaaaa ... gataattcagGTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTG
EST: CAGTTTCTAGGCTATACAGGGATGGGACTGGCTGCGGTGCATGCTATCAG GTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTG
genomic: CAGTTTCTAGGCTATACAGGGATGGGACTGGCTGCGGTGCATGCTATCAGgtaattaaaa ... gataattcagGTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTG
ggatttttcgatttttgtatccataatggtgctcaattgtttattgataattcagGTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTGGTGACCGACCACGGAGGAGGAGATGACACCGACTTCATCCTCAGCCGGC
tattgat putative branch site (score: 3)
aattgtttattgataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataatttgaagtactcccgcatcaatagttctgtttaaaacatgtggatttttcgatttttgtatccataatggtgctcaattgtttattgataattcagGTTAGGTGCAAGATACCAAAACTTTGTGCAGATGTTGGGATGAAGGTAGTGGTGACCGACCACGGAGGAGGAGATGACACCGACTTCATCCTCAGCCGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - -ctcccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgct