Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagacttcttcaatgctattattctaattactgtattcccttttctttacttccatgtctcttgatcatgctttcctttccatgcagCTTCCAAAATCCTATAGAGAATGGACAACATATGAACTCCACATCAGATGATGTAAAAATAATGAATCAGAGGTCTCATATCCTCTATGAACAACTAAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0036g01460.t01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0036g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA20G37100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
gtaagacttcttcaatgctattattctaattactgtattcccttttctttacttccatgtctcttgatcatgctttcctttccatgcagCTTCCAAAATCCTATAGAGAATGGACAACATATGAACTCCACATCAGATGATGTAAAAATAATGAATCAGAGGTCTCATATCCTCTATGAACAACTAAAA
                       |   |||||           | || |  | || |||     | |  | |||||   ||| | | |    |   |||    |  |||| |  | ||         ||| | | |     || | ||   | || |         || |||  ||   |         
----------------------gtgaaaattatgaaccagaggtctcatatcctctatgaacagTTAAAAGGCTTTG--TTCAAAGAATGGACATGAATGTGGTGAAGAAGGATCTACCA------CCCAAAACTGTCTTCGTGATAACTGTCAAGC--------TATCTCCCTTACAGA---------

upper sequence: Vv14s0036g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA20G37100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
gtaagacttcttcaatgctattattctaattactgtattcccttttctttacttccatgtctcttgatcatgctttcctttccatgcagCTTCCAAAATCCTATAGAGAATGGACAACATATGAACTCCACATCAGATGATGTAAAAATAATGAATCAGAGGTCTCATATCCTCTATGAACAACTAAAA
                  || |  | |  |||||||| |   ||   | ||  ||    |||   ||  ||  |||  |||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  || || ||       |||                                                
-----------------gtactgattt--ttactgtaatttattaaatgtaagTC----TCTAACGAA-ATATTTTTATTTATGTGCAGCTTCCAAAATCCAATAGAGAATGGACAGCACACCAATTCAACTCTGATCGAT------------------------------------------------

upper sequence: Vv14s0036g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: AT1G08600.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 20
gtaagacttcttcaatgctattattctaatta-ctgtattcccttttctttacttccatgtctcttgatcatgctttcctttccatgcagCTTCCAAAATCCTATAGAGAATGGACAACATATGAACTCCACATCAGATGATGTAAAAATAATGAATCAGAGGTCTCATATCCTCTATGAACAACTAAAA
| ||| |||    |    | || || |  ||| |||| |    |  | ||   || |  |  | || |   || ||  |  | | ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||  | || ||||||||||| ||||| |||||||| || || || ||||| ||| | |||
gcaagtctttcataccagtttttttttttttatctgtctattatgatgttatgtttctagagttttaactgtggttctccatacctgcagCTTCCAAAATCCAATAGAAAACGGACAGCATATGAATTCAACTGCGGAGGATGTAAAAATTATGAACCAGAGGTCACACATTCTGTATGAGCAATTGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattcccttttctttacttccatgtctcttgatcatgctttcctttccatgcagCTTCCAAAATCCTATAGAGAATGGACAACATATGAACTCCACATCAGATGATGTAAAAATAATGAATCAGAGGTCTCATATCCTCTATGAACAACTAAAA
                           tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                 tcatgctttcctttcc  CT-rich tract
        ttttcttta  TA-rich tract