Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacatccaattatctcacataaaagttcatcaatggctactctctgcaacctttttattcacttctctctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTGACTGGTGATGATGATCCGACTCTTTCAAGGGATGAACGACTCAAAATAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0250g00020.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30329318|gb|CD012580.1|CD012580
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
EST: gi|30252735|gb|CB970286.1|CB970286
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
EST: gi|110359221|gb|EC920366.1|EC920366
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
EST: gi|110366419|gb|EC930325.1|EC930325
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
EST: gi|26263391|gb|CA814454.1|CA814454
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
EST: gi|27582920|gb|CB005615.1|CB005615
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGA
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGA
EST: gi|26262175|gb|CA813238.1|CA813238
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
EST: gi|329112405|gb|JG391873.1|JG391873
EST:     AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCAT                         GTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG
genomic: AGCATGTTAGAGCCCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTATGTTCATgtaacatcca ... ctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttcatcaatggctactctctgcaacctttttattcacttctctctttctgcagGTCTTCGACAGTGATCCACATGGTGTCAGTGCAGTCCTTCGAAAGAGGCTGACTGGTGATGATGATCCGACTCTTTCAAGGGATGAACGACTCAAAATAA
                ctctctgcaacctttt  CT-rich tract
                            tttttattca  TA-rich tract