Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttatatcactaaccttctacaatctgctgttcaatggttatacagcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g02230.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA05G29870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
----atttatatcactaaccttctacaatctgctgttcaatggtta-tacagcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA
         |||       |    | | | |  | || | |   || | ||   || || |  |      ||| | ||||||||   |    |||| || |  ||||  | || || || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | || ||||||||||| || |||||||| |
catgcaacgtatggggggacactgatagtttattatttattatctagtgcacattgtggatagt-tgcggtatcacctgattctgtgt----tgttcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA

upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA08G12970.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
-----atttatatcactaaccttctacaatctgctgttcaatggtta-tacagcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA
          |||     ||  |    | | |  | || | |   |  | ||   ||||| |      |  ||| | ||||||||   |    |||| || |  ||||  | || || || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||  | |||||||||||||| || |||||||| |
ccatgcaacgtatgggggacactgc-tagtttattatttattatctggtgcacattgaggatagcttgtggtatcacctgattctgtgt----tgtt-ttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGACAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCAATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA

upper sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT3G20050.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
--------------------------------------------------att-tatatcactaaccttctacaatctgctgttcaa--tggtta---tacagcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA
                                                  ||   | |  |  || |||    |   | || || ||  || |||   ||   ||    ||| |  |    | |    || || |   | |  | ||  |||| |||| || || ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||| ||||
gtatgccattctctcagcaatgaatcttacttgattgctgacagtactatatcacacaaaatcaatcttaagtatatttcttttaaagttgtttaacatatcacacagagttttgtctaggtttttcatgtttataagtgtttttttcctgtt-agGTCTCGTTGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGACGCTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110699451|gb|EE076471.1|EE076471
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|110702474|gb|EE081230.1|EE081230
EST:     ATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: ATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|26264285|gb|CA815348.1|CA815348
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|351037610|gb|FQ462593.1|FQ462593
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|110701345|gb|EE078813.1|EE078813
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|351017726|gb|FQ436079.1|FQ436079
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|37187670|gb|CF607023.1|CF607023
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|34545258|gb|CF513490.1|CF513490
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|33403784|gb|CF209411.1|CF209411
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|30322269|gb|CD005531.1|CD005531
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAA-CGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|32272417|gb|CD721576.1|CD721576
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|110688105|gb|EE066273.1|EE066273
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|351048864|gb|FQ431529.1|FQ431529
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|161712591|gb|FC062193.1|FC062193
EST:     TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTGCAGATGATGATGTTATTATGATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|110362101|gb|EC925611.1|EC925611
EST:     GATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGC                         GTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: GATAAAAGGAACCAAAACGACTAGCGGCgtatgtaatt ... tattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA
                        atctgat  putative branch site (score: 4)
                attttataatctgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atttatatcactaaccttctacaatctgctgttcaatggttatacagcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - cactaac
- - - - - - - -cttctac
- - - - - - - - - - - - tctgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgcat