Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtattttatatatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatactcttactatttgatgagttctggatgaaactttttctgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAGAATTCTGGATTGCAAAATCTCTATGACATAGTACAATATTGTCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0087g00070.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0087g00070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os11g48090.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
gtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtattttatatatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatactcttactatttgatgagttctggatgaaactttttc--tgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAGAATTCTGGATTGCAAAATCTCTATGACATAGTACAATATTGTCAG
                                               ||    || |  | | |   | | | | |  || |    |||| ||   |  |    ||   |||    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || | |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
----------------------------------------------gtaagactaaagatgtcttcctttttctcttggtgtggcttcttgcttcctctta---tcgatatgctgttttttcaatgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATAGTACGATATTGTCAG

upper sequence: Vv02s0087g00070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA09G34860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtat-tttatatatatatgtatgtatgtatgta-----tgtatgtatatactcttactatt----tgatgagttctg-gatgaaacttttt------ctgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAGAATTCTGGATTGCAAAATCTCTATGACATAGTACAATATTGTCAG
|| || ||||        || ||  ||   | | | | ||| | | | ||| |||   | | || |   |  |      ||   |     |  | || | ||    || ||| || || ||| |||  |  |       |   ||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||| |
gtgaagctttgcaacacttttcactttgagtttgtgcttatttctgtctatttatcattttctgcaaaaaaatggagcttgctggagatcaggcatattgttccattgctgaattatgtgatcaaatgtcataacaattttctcagAGCTCAATGGTCTTCTACGAAAATTCAGGACTGCAGAATCTCTATGACATTGTACGATATTGTCTG

upper sequence: Vv02s0087g00070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT1G31360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
gtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtattttatatatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatactcttactatttgatgagttctggatgaaactttttctgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAGAATTCTGGATTGCAAAATCTCTATGACATAGTACAATATTGTCAG
                       |||  |  | ||     ||||   |   ||| | |     | ||||| ||| ||| ||| |  |     || ||||||  |||          || | || | |||||||| ||||||||||| ||| |||||||  | ||||||||||| || ||||||  ||| ||||||
----------------------gtatgctgca-atgttactgtaccctggttatctgtcc---tgtgtatatatctatatatttcttagatttagttgatgctttcct-------tttctcctcaacagAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTATTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgtatatactcttactatttgatgagttctggatgaaactttttctgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAGAATTCTGGATTGCAAAATCTCTATGACATAGTACAATATTGTCAG
                                         ctttttct  CT-rich tract
              ttactattt  TA-rich tract