Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaattcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g05250.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA20G33380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgc-----tcaaattcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG
|||||| | |   | | | | |||||  | |         ||| |   ||     | ||     |  | |  |  | | | | |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||| | |||
gtaagtttgtttactgtgttcttcattctttttaatttctaaaattgcttttgtccctcctgtgacgaaagtttttatccattagGGTGATGGTGATTATGAACTTGTCAAGGATGTCATATTTGATGACTACCTCCGGCAGCGAATAGCTAAG

upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA10G34150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaattc---atttgaaatcatctc---taaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG
|||||| | |   | | | | |||||  |||  | || |||   |  ||  ||  ||     |   ||  || |  | | | | |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||| | |||
gtaagtttgtttactgtgttcttcat--tctttttaatttctataactgctattgtcctatgtgtgacgaaagttttatccattagGGTGATGGCGATTATGAACTTGTCAAGGATGTCATATTTGATGACTACCTCCAGCAGCGAATAGCTAAG

upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA10G34150.3 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaattc---atttgaaatcatctc---taaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG-------------------------------
|||||| | |   | | | | |||||  |||  | || |||   |  ||  ||  ||     |   ||  || |  | | | | |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||| | |||                               
gtaagtttgtttactgtgttcttcat--tctttttaatttctataactgctattgtcctatgtgtgacgaaagttttatccattagGGTGATGGCGATTATGAACTTGTCAAGGATGTCATATTTGATGACTACCTCCAGCAGCGAATAGCTAAGGTATGAAACTTCATACATTTTATGCCACAAC

upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT5G58330.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaa---ttcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG
                |  || |    || | || |||   ||  | |  |   |  ||| |||  |   |  || | | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||| | | | |||||  |||||
--------------gtatgttctatccttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgct-tacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34550508|gb|CF518726.1|CF518726
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATACCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|34550427|gb|CF518645.1|CF518645
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATACCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110725848|gb|EE102783.1|EE102783
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|351040604|gb|FQ438148.1|FQ438148
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110381192|gb|EC946513.1|EC946513
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|28963316|gb|CB342349.1|CB342349
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|33402579|gb|CF208206.1|CF208206
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110367124|gb|EC931047.1|EC931047
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110392317|gb|EC957652.1|EC957652
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|351046814|gb|FQ454424.1|FQ454424
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|349811478|gb|FQ409474.1|FQ409474
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110423097|gb|EC989434.1|EC989434
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|32245213|gb|CD711032.1|CD711032
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|18458671|gb|BM436949.1|BM436949
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110393853|gb|EC959389.1|EC959389
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|29785366|gb|CB342287.2|CB342287
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttctgctcaaattcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG
                            ctctaaa  putative branch site (score: 3)
                                            ctgttcttc  putative PPT
          aaattcatttgaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaattcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC